Unbiased reconstruction of a mammalian transcriptional network mediating pathogen responses.
Unbiased reconstruction of a mammalian transcriptional network mediating pathogen responses.
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DOI：
10.1126/science.1179050
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发表时间：
2009-10-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Regev A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amit I;Garber M;Chevrier N;Leite AP;Donner Y;Eisenhaure T;Guttman M;Grenier JK;Li W;Zuk O;Schubert LA;Birditt B;Shay T;Goren A;Zhang X;Smith Z;Deering R;McDonald RC;Cabili M;Bernstein BE;Rinn JL;Meissner A;Root DE;Hacohen N;Regev A
哺乳动物调控网络控制基因表达的模型已经从基因组数据中推断出来，但在很大程度上还没有得到验证。我们提出了一种不偏不倚的策略来系统地扰乱候选调控因子并监测细胞转录反应。我们应用这种方法来获得控制小鼠原始树突状细胞(DC)对病原体的转录反应的调控网络。我们的方法揭示了125个转录因子、染色质修饰物和RNA结合蛋白的调节功能，并构建了一个由24个核心调节因子和76个微调分子组成的网络模型，帮助解释病原体感知途径如何实现特异性。这项研究建立了一种广泛适用、全面和公正的方法来揭示控制原始哺乳动物细胞中主要转录反应的调控网络的连接和功能。
Models of mammalian regulatory networks controlling gene expression have been inferred from genomic data, yet have largely not been validated. We present an unbiased strategy to systematically perturb candidate regulators and monitor cellular transcriptional responses. We apply this approach to derive regulatory networks that control the transcriptional response of mouse primary dendritic cells (DCs) to pathogens. Our approach revealed the regulatory functions of 125 transcription factors, chromatin modifiers, and RNA binding proteins and constructed a network model consisting of two dozen core regulators and 76 fine-tuners that help explain how pathogen-sensing pathways achieve specificity. This study establishes a broadly-applicable, comprehensive and unbiased approach to reveal the wiring and functions of a regulatory network controlling a major transcriptional response in primary mammalian cells.
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影响因子：
4.5
作者：
Lee SI;Dudley AM;Drubin D;Silver PA;Krogan NJ;Pe'er D;Koller D
通讯作者：
Koller D
影响因子：
56.9
作者：
Huang, Q;Liu, DY;Hacohen, N
通讯作者：
Hacohen, N
DOI：
10.1073/pnas.0308531101
发表时间：
2004-03-23
影响因子：
11.1
作者：
Brunet, JP;Tamayo, P;Mesirov, JP
通讯作者：
Mesirov, JP
影响因子：
32.4
作者：
Doyle, SE;Vaidya, SA;Cheng, G
通讯作者：
Cheng, G
影响因子：
30.5
作者：
Kawai, T;Sato, S;Akira, S
通讯作者：
Akira, S