Janus - a comprehensive tool investigating the two faces of transcription
Janus - a comprehensive tool investigating the two faces of transcription
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Janus - 研究转录两个方面的综合工具
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt185
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Rosenstiel P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barann M;Esser D;Klostermeier U.C;Lappalainen T;Luzius A;Kuiper J.W;Ammerpohl O;Vater I;Siebert R;Amstislavskiy V;Sudbrak R;Lehrach H;Schreiber S;Rosenstiel P.
动机：大约自 2008 年起，科学界就开始使用利用下一代测序平台生成链特异性转录组的方案。链特异性读取允许检测反义事件和更高分辨率的表达谱，从而能够扩展当前转录本注释。然而，利用这种搁浅信息的应用仍然很少。结果：这里我们提出了一个工具（Janus），它专注于识别基因组中已知和新颖转录元件的反义方向的转录活性区域。Januscan 比较多个样本的反义事件并分配分数以识别有义/反义对中任一转录物的相互表达，这可能暗示调节机制。Janus 能够利用单核苷酸变异（SNV）和甲基化数据，如果可用，并报告已识别遗传和表观遗传变异附近区域的有义与反义比率。Janus 询问杂合 SNV 的位置，以识别链特异性等位基因不平衡。可用性：Janus 用 C/C++ 编写，可根据 GNU 通用公共许可证条款在 http://www.ikmb.uni-kiel.de/janus/janus.html 上免费获取，适用于 Linux 和 Windows 64×。尽管二进制文件无需额外下载即可运行，但该软件依赖于 bamtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools) 进行编译。详细的教程部分包含在补充材料的第一部分中，并作为简短的 readme.txt 包含在教程存档中。联系方式：m.barann@mucosa.de 或 p.rosenstiel@mucosa.de 补充信息：补充数据可在 Bioinformaticsonline 上获得。
Motivation:Protocols to generate strand-specific transcriptomes with next-generation sequencing platforms have been used by the scientific community roughly since 2008. Strand-specific reads allow for detection of antisense events and a higher resolution of expression profiles enabling extension of current transcript annotations. However, applications making use of this strandedness information are still scarce.Results:Here we present a tool (Janus), which focuses on the identification of transcriptional active regions in antisense orientation to known and novel transcribed elements of the genome.Januscan compare the antisense events of multiple samples and assigns scores to identify mutual expression of either transcript in a sense/antisense pair, which could hint to regulatory mechanisms.Janusis able to make use of single-nucleotide variant (SNV) and methylation data, if available, and reports the sense to antisense ratio of regions in the vicinity of the identified genetic and epigenetic variation.Janusinterrogates positions of heterozygous SNVs to identify strand-specific allelic imbalance.Availability:Janusis written in C/C++ and freely available at http://www.ikmb.uni-kiel.de/janus/janus.html under terms of GNU General Public License, for both, Linux and Windows 64×. Although the binaries will work without additional downloads, the software depends on bamtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools) for compilation. A detailed tutorial section is included in the first section of the supplemental material and included as brief readme.txt in the tutorial archive.Contact:m.barann@mucosa.de or p.rosenstiel@mucosa.deSupplementary information:Supplementary data are available atBioinformaticsonline.
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
作者：
Plutarch;Claes Lindskog;K. Ziegler
通讯作者：
K. Ziegler
影响因子：
82.9
作者：
Lamprecht, Bjoern;Walter, Korden;Mathas, Stephan
通讯作者：
Mathas, Stephan
DOI：
10.3410/b1-33
发表时间：
2009-04-29
期刊：
F1000 biology reports
影响因子：
--
作者：
Layer JH;Weil PA
通讯作者：
Weil PA