A structural model for the inhibition of calpain by calpastatin: crystal structures of the native domain VI of calpain and its complexes with calpastatin peptide and a small molecule inhibitor.
A structural model for the inhibition of calpain by calpastatin: crystal structures of the native domain VI of calpain and its complexes with calpastatin peptide and a small molecule inhibitor.
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钙蛋白酶抑制蛋白抑制钙蛋白酶的结构模型：钙蛋白酶天然结构域VI及其与钙蛋白酶肽和小分子抑制剂的复合物的晶体结构。
DOI：
10.1016/s0022-2836(03)00274-2
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发表时间：
2003
影响因子：
5.6
通讯作者：
Narayana,SthanamVL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Todd,Bice;Moore,Dwight;Deivanayagam,ChampionCS;Lin,Guang-da;Chattopadhyay,Debasish;Maki,Masatoshi;Wang,KevinKW;Narayana,SthanamVL
钙离子依赖性半胱氨酸蛋白酶钙蛋白酶沿着与其内源性抑制剂钙蛋白酶抑制素广泛分布。研究了钙蛋白酶和钙蛋白酶抑制剂之间的相互作用，以更好地理解钙蛋白酶抑制剂抑制钙蛋白酶的性质，这可以帮助设计钙蛋白酶的小分子抑制剂。在这里，我们提出了钙蛋白酶抑制蛋白肽和钙蛋白酶的钙结合结构域VI之间的复合物的晶体结构。DIC 19是一种19个残基的肽，其对应于钙蛋白酶抑制素的三个相互作用结构域之一，已知其与钙蛋白酶的结构域VI相互作用。我们提出了两个晶体结构的DIC 19结合的结构域VI的钙蛋白酶，确定了分子置换方法，以2.5和2.2的分辨率。在结晶抑制剂复合物的过程中，鉴定了一种新的天然晶形，其具有沿结晶轴沿着的同二聚体2倍轴，与先前在不对称单元中观察到的二聚体相反。用分子置换法测定了天然结构域VI及其抑制剂PD 150606（3-（4-碘苯基）-2-巯基-（Z）-2-丙烯酸）复合物的晶体结构，其分辨率分别为2.0 nm和2.3 nm。此外，我们还建立了钙蛋白酶抑制素DIA 19肽段与结构域IV复合物的同源性模型。最后，我们提出了一个模型的钙蛋白酶抑制剂抑制的钙蛋白酶。
The Ca2+-dependent cysteine protease calpain along with its endogenous inhibitor calpastatin is widely distributed. The interactions between calpain and calpastatin have been studied to better understand the nature of calpain inhibition by calpastatin, which can aid the design of small molecule inhibitors to calpain. Here we present the crystal structure of a complex between a calpastatin peptide and the calcium-binding domain VI of calpain. DIC19 is a 19 residue peptide, which corresponds to one of the three interacting domains of calpastatin, which is known to interact with domain VI of calpain. We present two crystal structures of DIC19 bound to domain VI of calpain, determined by molecular replacement methods to 2.5Å and 2.2Å resolution. In the process of crystallizing the inhibitor complex, a new native crystal form was identified which had the homodimer 2-fold axis along a crystallographic axis as opposed to the previously observed dimer in the asymmetric unit. The crystal structures of the native domain VI and its inhibitor PD150606 (3-(4-iodophenyl)-2-mercapto-(Z)-2-propenoic acid) complex were determined with the help of molecular replacement methods to 2.0Å and 2.3Å resolution, respectively. In addition, we built a homology model for the complex between domain IV and DIA19 peptide of calpastatin. Finally, we present a model for the calpastatin-inhibited calpain.
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DOI：
--
发表时间：
1997
期刊：
Nature Structural Biology
影响因子：
--
作者：
G. Lin;D. Chattopadhyay;M. Maki;K. Wang;M. Carson;Lei Jin;P. Yuen;E. Takano;M. Hatanaka;L. DeLucas;S. Narayana
通讯作者：
S. Narayana
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通讯作者：
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DOI：
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发表时间：
1995
期刊：
影响因子：
--
作者：
T. Yoshizawa;H. Sorimachi;S. Tomioka;S. Ishiura;Kazuo Suzuki
通讯作者：
Kazuo Suzuki
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3.5
作者：
M. Averna;R. De Tullio;F. Salamino;E. Melloni;S. Pontremoli
通讯作者：
S. Pontremoli