Defining the human deubiquitinating enzyme interaction landscape.
Defining the human deubiquitinating enzyme interaction landscape.
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定义人类的去泛素化酶相互作用景观。
DOI：
10.1016/j.cell.2009.04.042
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发表时间：
2009-07-23
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Harper JW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sowa ME;Bennett EJ;Gygi SP;Harper JW
去泛素化酶（Dubs）的作用是将共价附着的泛素从蛋白质中去除，从而控制底物活性和/或丰度。对于大多数Dubs来说，它们的功能、目标和调控都知之甚少。为了系统地研究Dubs的功能，我们启动了Dubs及其相关蛋白复合物的全球蛋白质组学分析。这是通过一个名为CompPASS的软件平台的开发完成的，该平台使用无偏指标来分配来自平行非互反蛋白质组学数据集的相互作用的置信度测量。我们确定了774个候选相互作用蛋白与75个Dubs相关。利用基因本体、相互作用组拓扑分类、亚细胞定位和功能研究，我们将Dubs与多种过程联系起来，包括蛋白质周转、转录、RNA加工、DNA损伤和内质网相关降解。这项工作提供了对Dub相互作用景观的第一次一瞥，将以前未研究的Dub置于假定的生物学途径中，并确定了以前未知的相互作用和蛋白质复合物，这些相互作用和蛋白质复合物参与了泛素-蛋白酶体途径的这一日益重要的分支。
Deubiquitinating enzymes (Dubs) function to remove covalently attached ubiquitin from proteins, thereby controlling substrate activity and/or abundance. For most Dubs, their functions, targets, and regulation are poorly understood. To systematically investigate Dub function, we initiated a global proteomic analysis of Dubs and their associated protein complexes. This was accomplished through the development of a software platform, called CompPASS, which uses unbiased metrics to assign confidence measurements to interactions from parallel non-reciprocal proteomic datasets. We identified 774 candidate interacting proteins associated with 75 Dubs. Using Gene Ontology, interactome topology classification, sub-cellular localization and functional studies, we link Dubs to diverse processes, including protein turnover, transcription, RNA processing, DNA damage, and endoplasmic reticulum-associated degradation. This work provides the first glimpse into the Dub interaction landscape, places previously unstudied Dubs within putative biological pathways, and identifies previously unknown interactions and protein complexes involved in this increasingly important arm of the ubiquitin-proteasome pathway.
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