Cas-Designer: a web-based tool for choice of CRISPR-Cas9 target sites
Cas-Designer: a web-based tool for choice of CRISPR-Cas9 target sites
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv537
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发表时间：
2015-12-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Kim, Jin-Soo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Park, Jeongbin;Bae, Sangsu;Kim, Jin-Soo
我们提出了一个用户友好的程序Cas-Designer，以帮助研究人员在II型CRISPR/Cas衍生的RNA引导的核酸内切酶的基因中选择合适的靶点，这种内切酶目前被广泛用于生物医学研究和生物技术。CAS-Designer快速提供给定输入DNA序列中所有可能的引导RNA序列及其潜在的非靶点位置的列表，包括所选择的基因组中的凸起型位置。此外，该程序还为每个目标位置分配了帧外分数，以帮助用户选择合适的位置进行基因敲除。CAS-Designer在交互式表格中显示结果，并提供用户友好的过滤功能。
We present Cas-Designer, a user-friendly program to aid researchers in choosing appropriate target sites in a gene of interest for type II CRISPR/Cas-derived RNA-guided endonucleases, which are now widely used for biomedical research and biotechnology. Cas-Designer rapidly provides the list of all possible guide RNA sequences in a given input DNA sequence and their potential off-target sites including bulge-type sites in a genome of choice. In addition, the program assigns an out-of-frame score to each target site to help users choose appropriate sites for gene knockout. Cas-Designer shows the results in an interactive table and provides user-friendly filter functions.