Advances in coarse-grained modeling of macromolecular complexes.
Advances in coarse-grained modeling of macromolecular complexes.
复制标题
DOI：
10.1016/j.sbi.2018.11.005
复制
发表时间：
2018-10
影响因子：
6.8
通讯作者：
Voth GA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pak AJ;Voth GA
近年来，粗粒化（CG）分子建模和模拟的进展促进了生物大分子及其复合物的计算研究。鉴于决定大分子生物物理学的长度和时间尺度的巨大分离，CG建模和模拟非常适合分别连接从全原子分子模拟和实验中观察到的微观和介观或宏观细节。在这篇综述中，我们首先总结了最近的创新CG模型的发展，其中广泛包括基于结构，基于知识，基于动力学的方法。然后，我们讨论了最近的应用不同类别的CG模型，以探索各种大分子复合物。最后，我们得出结论，在这个不断增长的生物分子建模领域的未来展望。
Recent progress in coarse-grained (CG) molecular modeling and simulation has facilitated an influx of computational studies on biological macromolecules and their complexes. Given the large separation of length- and time-scales that dictate macromolecular biophysics, CG modeling and simulation are well-suited to bridge the microscopic and mesoscopic or macroscopic details observed from all-atom molecular simulations and experiments, respectively. In this review, we first summarize recent innovations in the development of CG models, which broadly include structure-based, knowledge-based, and dynamics-based approaches. We then discuss recent applications of different classes of CG models to explore various macromolecular complexes. Finally, we conclude with an outlook for the future in this ever-growing field of biomolecular modeling.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.5
作者：
Hamacher, K.;McCammon, J. A.
通讯作者：
McCammon, J. A.
影响因子：
4.3
作者：
Frappier V;Najmanovich RJ
通讯作者：
Najmanovich RJ
影响因子：
5.7
作者：
Hyeon, Changbong;Dima, Ruxandra I.;Thirumalai, D.
通讯作者：
Thirumalai, D.
影响因子：
3.4
作者：
Atilgan, AR;Durell, SR;Bahar, I
通讯作者：
Bahar, I
影响因子：
5.6
作者：
Clementi, C;Nymeyer, H;Onuchic, JN
通讯作者：
Onuchic, JN