Atomic accuracy in predicting and designing noncanonical RNA structure.
Atomic accuracy in predicting and designing noncanonical RNA structure.
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DOI：
10.1038/nmeth.1433
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发表时间：
2010-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Baker, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das, Rhiju;Karanicolas, John;Baker, David
我们提出了一个Rosetta全原子框架，用于预测和设计定义RNA三级结构的非规范基序，称为FARFAR（Fragment Assembly of RNA with Full Atom Refinement）。对于32个6至20个核苷酸基序的测试集，该方法以近原子的精度概括了50%的实验结构。此外，设计计算在参与非典型相互作用的大多数RNA残基处恢复了天然序列，并且预测稳定信号识别颗粒结构域的突变得到了实验验证。
We present a Rosetta full-atom framework for predicting and designing the non-canonical motifs that define RNA tertiary structure, called FARFAR (Fragment Assembly of RNA with Full Atom Refinement). For a test set of thirty-two 6-to-20-nucleotide motifs, the method recapitulated 50% of the experimental structures at near-atomic accuracy. Additionally, design calculations recovered the native sequence at the majority of RNA residues engaged in non-canonical interactions, and mutations predicted to stabilize a signal recognition particle domain were experimentally validated.
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影响因子：
4.5
作者：
Ding, Feng;Sharma, Shantanu;Dokholyan, Nikolay V.
通讯作者：
Dokholyan, Nikolay V.
影响因子：
64.8
作者：
Parisien, Marc;Major, Francois
通讯作者：
Major, Francois
DOI：
10.1073/pnas.0703961104
发表时间：
2007-09-04
影响因子：
11.1
作者：
Win, Maung Nyan;Smolke, Christina D.
通讯作者：
Smolke, Christina D.
影响因子：
6.8
作者：
Boas, F. Edward;Harbury, Pehr B.
通讯作者：
Harbury, Pehr B.
DOI：
10.1073/pnas.0703836104
发表时间：
2007-09-11
影响因子：
11.1
作者：
Das, Rhiju;Baker, David
通讯作者：
Baker, David