Construction of a trio-based structural variation panel utilizing activated T lymphocytes and long-read sequencing technology.
Construction of a trio-based structural variation panel utilizing activated T lymphocytes and long-read sequencing technology.
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DOI：
10.1038/s42003-022-03953-1
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发表时间：
2022-09-20
影响因子：
5.9
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中科院分区：
文献类型：
--
作者：
长读长测序技术可以更好地表征结构变异 (SV)。为了使该技术适应群体规模的分析，一个关键问题是获得足够量的高分子量基因组 DNA。在这里，我们建议利用活化的T淋巴细胞，它可以在生物库中有效建立，以稳定地提供足够的高等级基因组DNA。我们利用高覆盖率长读长测序数据（深度 22.2x，N50 为 25.8kb）对 333 个个体（111 个三人组）进行了纳米孔测序，并鉴定了 74,201 个 SV。我们基于三重奏的分析表明，超过 95% 的 SV 与孟德尔遗传一致。我们还鉴定了与临床表型相关的 SV，所有这些似乎都能稳定地从父母传给后代。我们的数据提供了日本普通人群中的 SV 目录，并且使用激活的 T 淋巴细胞资源的应用方法将有助于基于生物库的人类遗传学研究，重点关注人口规模的 SV。对 333 个日本个体（代表 111 个亲子三人组）样本的激活 T 细胞进行长读测序，提供了日本人群结构变异的有用参考数据集。
Long-read sequencing technology enable better characterization of structural variants (SVs). To adapt the technology to population-scale analyses, one critical issue is to obtain sufficient amount of high-molecular-weight genomic DNA. Here, we propose utilizing activated T lymphocytes, which can be established efficiently in a biobank to stably supply high-grade genomic DNA sufficiently. We conducted nanopore sequencing of 333 individuals constituting 111 trios with high-coverage long-read sequencing data (depth 22.2x, N50 of 25.8 kb) and identified 74,201 SVs. Our trio-based analysis revealed that more than 95% of the SVs were concordant with Mendelian inheritance. We also identified SVs associated with clinical phenotypes, all of which appear to be stably transmitted from parents to offspring. Our data provide a catalog of SVs in the general Japanese population, and the applied approach using the activated T-lymphocyte resource will contribute to biobank-based human genetic studies focusing on SVs at the population scale. Long-read sequencing on activated T-cells from a sample of 333 Japanese individuals (representing 111 parent-offspring trios) provides a useful reference dataset of structural variation in the Japanese population.
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