Smart markers for watershed-based cell segmentation.
Smart markers for watershed-based cell segmentation.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0048664
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Gunduz-Demir C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koyuncu CF;Arslan S;Durmaz I;Cetin-Atalay R;Gunduz-Demir C
自动化细胞成像系统有助于在细胞水平上快速可靠地分析生物事件。在这些系统中，第一步通常是细胞分割，这极大地影响了后续系统步骤的成功。另一方面，类似于其他图像分割问题，细胞分割是一个不适定的问题，通常需要使用特定领域的知识，以获得成功的分割，甚至由人类受试者。可以将这些知识纳入其分割算法的方法有可能大大改善分割结果。在这项工作中，我们提出了一种新的方法，有效的活细胞相衬显微镜分割。这种方法引入了一组新的“智能标记”的标记控制的分水岭算法，其标记的识别是至关重要的。所提出的方法依赖于使用特定领域的知识，在细胞的视觉特征的形式，以定义标记。我们在总共1，954个细胞上评估了我们的方法。实验结果表明，这种方法，它使用建议的定义的智能标记，是相当有效的识别更好的标记相比，它的同行。这将反过来，有效地提高分割性能的标记控制的分水岭算法。
Automated cell imaging systems facilitate fast and reliable analysis of biological events at the cellular level. In these systems, the first step is usually cell segmentation that greatly affects the success of the subsequent system steps. On the other hand, similar to other image segmentation problems, cell segmentation is an ill-posed problem that typically necessitates the use of domain-specific knowledge to obtain successful segmentations even by human subjects. The approaches that can incorporate this knowledge into their segmentation algorithms have potential to greatly improve segmentation results. In this work, we propose a new approach for the effective segmentation of live cells from phase contrast microscopy. This approach introduces a new set of “smart markers” for a marker-controlled watershed algorithm, for which the identification of its markers is critical. The proposed approach relies on using domain-specific knowledge, in the form of visual characteristics of the cells, to define the markers. We evaluate our approach on a total of 1,954 cells. The experimental results demonstrate that this approach, which uses the proposed definition of smart markers, is quite effective in identifying better markers compared to its counterparts. This will, in turn, be effective in improving the segmentation performance of a marker-controlled watershed algorithm.
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DOI：
10.1109/titb.2008.2007098
发表时间：
2009-03
期刊：
IEEE transactions on information technology in biomedicine : a publication of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society
影响因子：
--
作者：
Zhou X;Li F;Yan J;Wong ST
通讯作者：
Wong ST
影响因子：
3.7
作者：
Lin, G;Chawla, MK;Roysam, B
通讯作者：
Roysam, B
影响因子：
3.7
作者：
Lindblad, J;W채hlby, C;Zaltsman, A
通讯作者：
Zaltsman, A
影响因子：
8
作者：
Tosun, Akif Burak;Kandemir, Melih;Gunduz-Demir, Cigdem
通讯作者：
Gunduz-Demir, Cigdem
影响因子：
10.6
作者：
Zimmer, C;Labruyère, E;Olivo-Marin, JC
通讯作者：
Olivo-Marin, JC