Uncovering hidden duplicated content in public transcriptomics data.
Uncovering hidden duplicated content in public transcriptomics data.
复制标题
发现公共转录组学数据中隐藏的重复内容。
DOI：
10.1093/database/bat010
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bastian FB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rosikiewicz M;Comte A;Niknejad A;Robinson-Rechavi M;Bastian FB
作为数据库BGEE(基因表达进化数据库)开发的一部分，我们注释和分析了来自不同类型和不同来源的表达数据，特别是来自GEO和ArrayExpress的Affymetrix数据，以及来自SRA的RNA-Seq数据。在我们的质量控制程序中，我们发现了Geo和ArrayExpress中的重复内容，影响了我们14%的数据：来自独立数据提交的完全或部分重复实验、在多个实验中重复使用的Affymetrix芯片，或在实验中重复使用的∼。我们在这里介绍了我们已经建立的从Affymetrix数据中筛选此类重复项的程序，以及我们在RNA-Seq数据中识别未来潜在重复项的程序。数据库地址：http://bgee.unil.ch/
As part of the development of the database Bgee (a dataBase for Gene Expression Evolution), we annotate and analyse expression data from different types and different sources, notably Affymetrix data from GEO and ArrayExpress, and RNA-Seq data from SRA. During our quality control procedure, we have identified duplicated content in GEO and ArrayExpress, affecting ∼14% of our data: fully or partially duplicated experiments from independent data submissions, Affymetrix chips reused in several experiments, or reused within an experiment. We present here the procedure that we have established to filter such duplicates from Affymetrix data, and our procedure to identify future potential duplicates in RNA-Seq data. Database URL: http://bgee.unil.ch/
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影响因子：
14.9
作者：
Kodama Y;Shumway M;Leinonen R;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
影响因子：
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作者：
Wynn, James L.;Cvijanovich, Natalie Z.;Wong, Hector R.
通讯作者：
Wong, Hector R.
影响因子：
14.9
作者：
Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Evangelista C;Kim IF;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Holko M;Ayanbule O;Yefanov A;Soboleva A
通讯作者：
Soboleva A
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作者：
Wong HR;Cvijanovich N;Lin R;Allen GL;Thomas NJ;Willson DF;Freishtat RJ;Anas N;Meyer K;Checchia PA;Monaco M;Odom K;Shanley TP
通讯作者：
Shanley TP
影响因子：
14.9
作者：
Parkinson H;Sarkans U;Kolesnikov N;Abeygunawardena N;Burdett T;Dylag M;Emam I;Farne A;Hastings E;Holloway E;Kurbatova N;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rustici G;Sharma A;Williams E;Adamusiak T;Brandizi M;Sklyar N;Brazma A
通讯作者：
Brazma A