Applications of the molecular dynamics flexible fitting method.
Applications of the molecular dynamics flexible fitting method.
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分子动力学柔性拟合方法的应用。
DOI：
10.1016/j.jsb.2010.09.024
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发表时间：
2011-03
影响因子：
3
通讯作者：
Schulten, Klaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Trabuco, Leonardo G.;Schreiner, Eduard;Gumbart, James;Hsin, Jen;Villa, Elizabeth;Schulten, Klaus
近年来，低温电子显微镜（cryo-EM）已经成为结构生物学的一种关键方法，允许在各种功能状态下对大型生物分子复合物进行结构表征。由于实验和计算技术的里程碑式进步，通过单颗粒低温电镜获得的数据最近在分辨率上有了飞跃，导致亚纳米分辨率结构的常规获得。这些数据和揭示分子功能机制之间的剩余差距可以通过混合建模工具关闭，该工具将已知的原子结构合并到冷冻电镜数据中。其中一个工具是分子动力学柔性拟合（MDFF），它使用分子动力学模拟将x射线晶体学的结构与低温电镜密度图结合起来，得出大型生物分子复合物的原子模型。由MDFF提供的结构可以随后用于旨在揭示所研究的配合物动力学的计算研究。在目前的工作中，介绍了MDFF的最新应用，包括对核糖体在不同翻译阶段的低温电镜数据的解释以及膜曲率诱导光合复合体的结构。
In recent years, cryo-electron microscopy (cryo-EM) has established itself as a key method in structural biology, permitting the structural characterization of large biomolecular complexes in various functional states. The data obtained through single-particle cryo-EM has recently seen a leap in resolution thanks to landmark advances in experimental and computational techniques, resulting in sub-nanometer resolution structures being obtained routinely. The remaining gap between these data and revealing the mechanisms of molecular function can be closed through hybrid modeling tools that incorporate known atomic structures into the cryo-EM data. One such tool, molecular dynamics flexible fitting (MDFF), uses molecular dynamics simulations to combine structures from X-ray crystallography with cryo-EM density maps to derive atomic models of large biomolecular complexes. The structures furnished by MDFF can be used subsequently in computational investigations aimed at revealing the dynamics of the complexes under study. In the present work, recent applications of MDFF are presented, including the interpretation of cryo-EM data of the ribosome at different stages of translation and the structure of a membrane-curvature-inducing photosynthetic complex.
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影响因子：
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作者：
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通讯作者：
Akey, Christopher W.
影响因子：
5.7
作者：
KJELDGAARD, M;NISSEN, P;NYBORG, J
通讯作者：
NYBORG, J
DOI：
10.1126/science.1178535
发表时间：
2009-12-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Becker T;Bhushan S;Jarasch A;Armache JP;Funes S;Jossinet F;Gumbart J;Mielke T;Berninghausen O;Schulten K;Westhof E;Gilmore R;Mandon EC;Beckmann R
通讯作者：
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作者：
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15
作者：
Hsin, Jen;Chipot, Christophe;Schulten, Klaus
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