Natural language processing in aid of FlyBase curators.
Natural language processing in aid of FlyBase curators.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-193
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发表时间：
2008-04-14
影响因子：
3
通讯作者：
Briscoe T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karamanis N;Seal R;Lewin I;McQuilton P;Vlachos A;Gasperin C;Drysdale R;Briscoe T
尽管人们对将自然语言处理（NLP）应用于生物医学文本越来越感兴趣，但该技术是否可以促进数据库管理等任务仍不清楚。 PaperBrowser 是第一个基于 NLP 的界面，它是根据以用户为中心的方法开发的，旨在改进 FlyBase 策展人浏览文章的方式。在本文中，我们首先讨论观察策展人的工作如何影响 PaperBrowser 的设计和评估。然后，我们介绍了如何在基于用户的研究中使用文本突出显示任务和人机交互的评估标准来评估 PaperBrowser 的导航功能。我们的结果表明，PaperBrowser 减少了两个突出显示事件之间的交互量，因此与策展人之前可用的导航机制相比，导航效率提高了约 58%。此外，PaperBrowser 可以为策展人提供超过 74% 的增强导航实用性，无论他们突出显示文章中文本的方式如何。我们展示了某些 NLP 任务（例如命名实体识别和照应解析）中最先进的性能可以与 PaperBrowser 的导航功能相结合，以非常成功地支持管理。
Despite increasing interest in applying Natural Language Processing (NLP) to biomedical text, whether this technology can facilitate tasks such as database curation remains unclear. PaperBrowser is the first NLP-powered interface that was developed under a user-centered approach to improve the way in which FlyBase curators navigate an article. In this paper, we first discuss how observing curators at work informed the design and evaluation of PaperBrowser. Then, we present how we appraise PaperBrowser's navigational functionalities in a user-based study using a text highlighting task and evaluation criteria of Human-Computer Interaction. Our results show that PaperBrowser reduces the amount of interactions between two highlighting events and therefore improves navigational efficiency by about 58% compared to the navigational mechanism that was previously available to the curators. Moreover, PaperBrowser is shown to provide curators with enhanced navigational utility by over 74% irrespective of the different ways in which they highlight text in the article. We show that state-of-the-art performance in certain NLP tasks such as Named Entity Recognition and Anaphora Resolution can be combined with the navigational functionalities of PaperBrowser to support curation quite successfully.
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