Reporter ion-based mass spectrometry approaches for the detection of non-enzymatic protein modifications in biological samples.
Reporter ion-based mass spectrometry approaches for the detection of non-enzymatic protein modifications in biological samples.
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基于报告离子的质谱方法用于检测生物样品中的非酶促蛋白质修饰。
DOI：
10.1016/j.jprot.2013.03.033
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发表时间：
2013
影响因子：
3.3
通讯作者：
Tveen-Jensen K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tveen-Jensen K
开发质谱技术来检测蛋白质氧化（蛋白质氧化有助于信号传导和炎症）非常重要。无标签方法的优点是减少样本操作，但由于使用统计搜索引擎对大数据集进行无向分析，因此在复杂样本中具有挑战性。为了识别生物样品中的氧化蛋白质，我们之前开发了一种有针对性的方法，涉及从氧化残留物中扫描诊断性 MS3 离子的前体离子。在这里，我们针对其他氧化测试了这种方法，并将其与使用非常窄的质量窗口从高分辨率 MSMS 数据生成的提取离子色谱图 (XIC) 的替代方法进行了比较。这种精确质量 XIC 数据方法可有效识别硝基酪氨酸、氯酪氨酸和赖氨酸氧化脱氨，并且对于酪氨酸氧化，比前体离子扫描或统计数据库搜索突出显示更多修饰肽种类。尽管 XIC 中仍然出现一些假阳性峰，但可以通过峰强度的比较评估来识别这些假阳性峰。该方法的优点是可以在一次 LC-MSMS 运行中同时分析多种不同的修饰。本文是题为：生物学和医学中的翻译后蛋白质修饰的特刊的一部分。生物学意义使用精确质量提取的产物离子色谱图来检测氧化肽可以提高炎症条件下氧化损伤蛋白质的识别。
Development of mass spectrometry techniques to detect protein oxidation, which contributes to signalling and inflammation, is important. Label-free approaches have the advantage of reduced sample manipulation, but are challenging in complex samples owing to undirected analysis of large data sets using statistical search engines. To identify oxidised proteins in biological samples, we previously developed a targeted approach involving precursor ion scanning for diagnostic MS3ions from oxidised residues. Here, we tested this approach for other oxidations, and compared it with an alternative approach involving the use of extracted ion chromatograms (XICs) generated from high-resolution MSMS data using very narrow mass windows. This accurate mass XIC data methodology was effective at identifying nitrotyrosine, chlorotyrosine, and oxidative deamination of lysine, and for tyrosine oxidations highlighted more modified peptide species than precursor ion scanning or statistical database searches. Although some false positive peaks still occurred in the XICs, these could be identified by comparative assessment of the peak intensities. The method has the advantage that a number of different modifications can be analysed simultaneously in a single LC–MSMS run.This article is part of a Special Issue entitled: Posttranslational Protein modifications in biology and Medicine.Biological significanceThe use of accurate mass extracted product ion chromatograms to detect oxidised peptides could improve the identification of oxidatively damaged proteins in inflammatory conditions.
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