SFPQ promotes an oncogenic transcriptomic state in melanoma.
SFPQ promotes an oncogenic transcriptomic state in melanoma.
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DOI：
10.1038/s41388-021-01912-4
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发表时间：
2021-08
期刊：
影响因子：
8
通讯作者：
Boyne JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bi O;Anene CA;Nsengimana J;Shelton M;Roberts W;Newton-Bishop J;Boyne JR
多功能蛋白、剪接因子、富含脯氨酸和谷氨酰胺（SFPQ）通常由于与编码和非编码rna的相互作用而与许多癌症有关，然而，其在黑色素瘤中的作用尚不清楚。我们报道，在黑色素瘤细胞中，敲低SFPQ表达会减缓几种与癌症相关的细胞表型，包括细胞生长、迁移、上皮细胞向间质细胞转化、细胞凋亡和糖酵解。ip -seq分析显示，SFPQ- rna相互作用组在黑色素瘤细胞中被重编程，并特异性富集了关键的黑色素瘤相关编码和长链非编码转录本，包括SOX10、AMIGO2和LINC00511，在大多数情况下，SFPQ是这些基因有效表达所必需的。对两个富含sfpq的lncRNA LINC00511和LINC01234的功能分析表明，这些基因独立地促进了黑色素瘤的表型，对LINC00511的更详细的分析表明，这部分是通过调节miR-625-5p/PKM2轴发生的。重要的是，一项大型临床队列分析显示，原发性黑色素瘤肿瘤中SFPQ表达升高可能具有预后生物标志物的作用。总之，这些数据表明SFPQ是黑色素瘤的重要驱动因素，可能是由于SFPQ - rna相互作用促进了许多致癌转录物的表达。
The multifunctional protein, splicing factor, proline- and glutamine-rich (SFPQ) has been implicated in numerous cancers often due to interaction with coding and non-coding RNAs, however, its role in melanoma remains unclear. We report that knockdown of SFPQ expression in melanoma cells decelerates several cancer-associated cell phenotypes, including cell growth, migration, epithelial to mesenchymal transition, apoptosis, and glycolysis. RIP-seq analysis revealed that the SFPQ-RNA interactome is reprogrammed in melanoma cells and specifically enriched with key melanoma-associated coding and long non-coding transcripts, including SOX10, AMIGO2 and LINC00511 and in most cases SFPQ is required for the efficient expression of these genes. Functional analysis of two SFPQ-enriched lncRNA, LINC00511 and LINC01234, demonstrated that these genes independently contribute to the melanoma phenotype and a more detailed analysis of LINC00511 indicated that this occurs in part via modulation of the miR-625-5p/PKM2 axis. Importantly, analysis of a large clinical cohort revealed that elevated expression of SFPQ in primary melanoma tumours may have utility as a prognostic biomarker. Together, these data suggest that SFPQ is an important driver of melanoma, likely due to SFPQ–RNA interactions promoting the expression of numerous oncogenic transcripts.
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