DNA Scanner: a web application for comparing DNA synthesis feasibility, price and turnaround time across vendors
DNA Scanner: a web application for comparing DNA synthesis feasibility, price and turnaround time across vendors
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DNA Scanner：用于比较不同供应商的 DNA 合成可行性、价格和周转时间的 Web 应用程序
DOI：
10.1093/synbio/ysaa011
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发表时间：
2020
影响因子：
3.2
通讯作者：
Doçi G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doçi G
DNA合成已经成为现代生物工程的主要推动者，使科学家能够简单地在线订购由计算机设计的DNA分子。DNA合成服务价格的迅速下降，以及在计算机辅助DNA设计工具和实验室自动化的支持下，研发规模的随之而来的增加，推动了对合成DNA的需求。虽然供应商为购买合成DNA提供了用户友好的在线门户网站，但客户仍然面临着检查每个选择的供应商合成所需序列的能力和定价的耗时任务。因此，在一个自动化程度越来越高的工作流程中，对大批量DNA序列进行排序可能是一个费力的手动程序。即使当它们可用时，也需要高度的技术知识和努力将供应商的应用程序编程接口(API)集成到计算机辅助DNA设计工具或自动化实验室过程中。在这里，我们介绍DNA扫描仪，这是一个软件包，包括(I)一个基于网络的用户界面，使用户能够比较选定供应商合成DNA序列的可行性、价格和周转时间；(Ii)一个能够将这些功能集成到计算机辅助DNA设计工具和自动化实验室过程中的PythonAPI。我们开发了DNA扫描仪，以统一简化合成DNA供应商、全球生物铸造联盟成员和整个科学界之间的互动。
DNA synthesis has become a major enabler of modern bioengineering, allowing scientists to simply order onlinein silico-designed DNA molecules. Rapidly decreasing DNA synthesis service prices and the concomitant increase of research and development scales bolstered by computer-aided DNA design tools and laboratory automation has driven up the demand for synthetic DNA. While vendors provide user-friendly online portals for purchasing synthetic DNA, customers still face the time-consuming task of checking each vendor of choice for their ability and pricing to synthesize the desired sequences. As a result, ordering large batches of DNA sequences can be a laborious manual procedure in an otherwise increasingly automatable workflow. Even when they are available, there is a high degree of technical knowledge and effort required to integrate vendors’ application programming interfaces (APIs) into computer-aided DNA design tools or automated lab processes. Here, we introduceDNA Scanner, a software package comprising (i) a web-based user interface enabling users to compare the feasibility, price and turnaround time of synthetic DNA sequences across selected vendors and (ii) a Python API enabling integration of these functionalities into computer-aided DNA design tools and automated lab processes. We have developedDNA Scannerto uniformly streamline interactions between synthetic DNA vendors, members of the Global Biofoundry Alliance and the scientific community at large.
合成成功计算器：利用机器学习预测 DNA 片段的快速合成
DOI：
--
发表时间：
2020
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
Sean M. Halper;Ayaan Hossain;H. Salis
通讯作者：
H. Salis
影响因子：
1.9
作者：
Madsen, Curtis;Moreno, Angel Goni;Wipat, Anil
通讯作者：
Wipat, Anil