Integrative analysis of the common genetic characteristics in ovarian cancer stem cells sorted by multiple approaches.
Integrative analysis of the common genetic characteristics in ovarian cancer stem cells sorted by multiple approaches.
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多种方法分选的卵巢癌干细胞共同遗传特征的综合分析
DOI：
10.1186/s13048-020-00715-7
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发表时间：
2020-09-25
影响因子：
4
通讯作者：
Wang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Su Y;Wu X;Xiao R;Wu Y;Yang B;Wang Z;Guo L;Kang X;Wang C
卵巢癌是女性生殖系统的第二大致命恶性肿瘤。根据肿瘤干细胞（CSC）理论，卵巢癌预后不良归因于肿瘤干细胞引起的肿瘤复发。多种细胞表面特异性标志物已被用于鉴定卵巢癌干细胞（OCSC）。在本研究中，我们试图探索卵巢癌干细胞的共同特点，通过多种方法分选。我们收集了来自5个公共队列的OCSC的基因表达谱，并利用R软件和Bioconductor软件包建立了OCSC和亲本细胞之间的差异表达基因（DEG）。我们通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建提取整合的DEG，并通过Cellminer数据库探索潜在的治疗方法。我们确定并整合了多种分离方法分类的OCSC的DEG。此外，我们发现OCSC在脂质代谢和细胞外基质变化方面具有共同的特征。此外，我们还获得了16个共表达的核心基因，如FOXQ 1、MMP 7、AQP 5、RBM 47、ETV 4、NPW、SUSD 2、SFRP 2、IDO 1、ANPEP、CXCR 4、SCNN 1A、SPP 1和IFI 27（上调）和SERPINE 1、DUSP 1、CD 40和IL 6（下调）。通过相关性分析，筛选出10种靶向核心基因的潜在药物。通过对不同分选方法的卵巢癌干细胞基因组数据集的综合分析，找出了调控卵巢癌干细胞的共同驱动基因，并获得了10种新的清除卵巢癌干细胞的潜在疗法。因此，我们的研究结果可能具有潜在的临床意义。
Ovarian cancer is the second fatal malignancy of the female reproductive system. Based on the cancer stem cell (CSC) theory, its poor prognosis of ovarian cancer attributed to tumor recurrence caused by CSCs. A variety of cell surface-specific markers have been employed to identify ovarian cancer stem cells (OCSCs). In this study, we attempted to explore the common feature in ovarian cancer stem cells sorted by multiple approaches. We collected the gene expression profiles of OCSCs were from 5 public cohorts and employed R software and Bioconductor packages to establish differently expressed genes (DEGs) between OCSCs and parental cells. We extracted the integrated DEGs by protein-protein interaction (PPI) network construction and explored potential treatment by the Cellminer database. We identified and integrated the DEGs of OCSCs sorted by multiple isolation approaches. Besides, we identified OCSCs share characteristics in the lipid metabolism and extracellular matrix changes. Moreover, we obtained 16 co-expressed core genes, such as FOXQ1, MMP7, AQP5, RBM47, ETV4, NPW, SUSD2, SFRP2, IDO1, ANPEP, CXCR4, SCNN1A, SPP1 and IFI27 (upregulated) and SERPINE1, DUSP1, CD40, and IL6 (downregulated). Through correlation analysis, we screened out ten potential drugs to target the core genes. Based on the comprehensive analysis of the genomic datasets with different sorting methods of OCSCs, we figured out the common driving genes to regulating OCSC and obtained ten new potential therapies for eliminating ovarian cancer stem cells. Hence, the findings of our study might have potential clinical significance.
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影响因子：
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作者：
Sharrow AC;Perkins B;Collector MI;Yu W;Simons BW;Jones RJ
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作者：
Langfelder P;Horvath S
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House CD;Jordan E;Hernandez L;Ozaki M;James JM;Kim M;Kruhlak MJ;Batchelor E;Elloumi F;Cam MC;Annunziata CM
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8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1158/1078-0432.ccr-15-0335
发表时间：
2015-09-01
期刊：
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
影响因子：
--
作者：
Reinhold WC;Sunshine M;Varma S;Doroshow JH;Pommier Y
通讯作者：
Pommier Y