Synergistic Use of GPCR Modeling and SDM Experiments to Understand Ligand Binding.
Synergistic Use of GPCR Modeling and SDM Experiments to Understand Ligand Binding.
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协同使用 GPCR 建模和 SDM 实验来了解配体结合。
DOI：
10.1007/978-1-4939-7465-8_15
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Potterton A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Potterton A
从许多不同GPCR亚型的定点诱变（SDM）研究中获得了大量的历史配体结合数据。这些信息是在GPCR晶体结构的浪潮之前产生的，目的是为了了解配体结合，以便发现药物。确定GPCR的原子结构的协同努力已被证明是非常成功的，现在PDB数据库中有80多个GPCR晶体结构，其中许多是在受体配体和相关G蛋白存在下获得的。这些结构数据使得能够生成所有GPCR的计算模型结构，包括晶体结构尚不存在的那些。这些模型在设计新型配体，特别是那些具有改善的停留时间，并更好地了解受体功能的权力可以大大提高协同结合它们与历史SDM配体结合数据。在这里，我们描述了一个协议，历史SDM结合数据和受体模型可以一起使用，以确定新的诱变研究的关键残基。
There is a substantial amount of historical ligand binding data available from site-directed mutagenesis (SDM) studies of many different GPCR subtypes. This information was generated prior to the wave of GPCR crystal structure, in an effort to understand ligand binding with a view to drug discovery. Concerted efforts to determine the atomic structure of GPCRs have proven extremely successful and there are now more than 80 GPCR crystal structure in the PDB database, many of which have been obtained in the presence of receptor ligands and associated G proteins. These structural data enable the generation of computational model structures for all GPCRs, including those for which crystal structures do not yet exist. The power of these models in designing novel ligands, especially those with improved residence times, and for better understanding receptor function can be enhanced tremendously by combining them synergistically with historic SDM ligand binding data. Here, we describe a protocol by which historic SDM binding data and receptor models may be used together to identify novel key residues for mutagenesis studies.
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