Constraining the timing of whole genome duplication in plant evolutionary history.
Constraining the timing of whole genome duplication in plant evolutionary history.
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DOI：
10.1098/rspb.2017.0912
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发表时间：
2017-07-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Donoghue PCJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Clark JW;Donoghue PCJ
全基因组复制（WGD）发生在生命之树的许多谱系中，并且总是被引用为进化创新，增加多样性和灭绝抗性的原因。测试这些假设是有问题的，尤其是因为WGD事件的时间已被证明难以约束。在这里，我们表明，WGD事件可以通过分子时钟分析串联基因家族，校准使用化石证据的年龄的物种分歧，括号WGD事件。我们应用这种方法来确定两个主要的基因组重复事件共享的所有种子植物（ESTA）和开花植物（ESTA），估计种子植物WGD事件在399-381 Ma，和被子植物WGD事件在319-297 Ma。因此，这些事件发生在两个谱系干的早期，排除了WGD赋予灭绝抗性的假设，推动创新和多样性的急剧增加，但证实和限定了更宽容的假设，即在实现WGD在植物进化中的影响的“滞后时间”。
Whole genome duplication (WGD) has occurred in many lineages within the tree of life and is invariably invoked as causal to evolutionary innovation, increased diversity, and extinction resistance. Testing such hypotheses is problematic, not least since the timing of WGD events has proven hard to constrain. Here we show that WGD events can be dated through molecular clock analysis of concatenated gene families, calibrated using fossil evidence for the ages of species divergences that bracket WGD events. We apply this approach to dating the two major genome duplication events shared by all seed plants (ζ) and flowering plants (ɛ), estimating the seed plant WGD event at 399–381 Ma, and the angiosperm WGD event at 319–297 Ma. These events thus took place early in the stem of both lineages, precluding hypotheses of WGD conferring extinction resistance, driving dramatic increases in innovation and diversity, but corroborating and qualifying the more permissive hypothesis of a ‘lag-time’ in realizing the effects of WGD in plant evolution.
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DOI：
10.1073/pnas.0900906106
发表时间：
2009-04-07
影响因子：
11.1
作者：
Fawcett, Jeffrey A.;Maere, Steven;Van de Peer, Yves
通讯作者：
Van de Peer, Yves
影响因子：
3
作者：
Barker, Michael S.;Li, Zheng;Rieseberg, Loren H.
通讯作者：
Rieseberg, Loren H.
影响因子：
11.6
作者：
Kagale, Sateesh;Robinson, Stephen J.;Parkin, Isobel A. P.
通讯作者：
Parkin, Isobel A. P.
影响因子：
9.4
作者：
Devos, Nicolas;Szovenyi, Peter;Shaw, A. Jonathan
通讯作者：
Shaw, A. Jonathan
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ