HYCUD: a computational tool for prediction of effective rotational correlation time in flexible proteins
HYCUD: a computational tool for prediction of effective rotational correlation time in flexible proteins
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HYCUD：用于预测柔性蛋白质中有效旋转相关时间的计算工具
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu824
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
M. Zweckstetter
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
N. Rezaei-Ghaleh;F. Klama;F. Munari F;M. Zweckstetter
动机：很大一部分真核蛋白质含有非结构化尾部或接头。灵活区域的存在使这些系统能够体验到高水平的移动性，从而促进其生物功能。这种灵活的模块化系统中蛋白质旋转的复杂性阻碍了直接应用流体动力学方法来计算其旋转运动特性。我们描述了域的流体动力学耦合（HYCUD）的工作流程，这是一个用于预测多域蛋白质中有效旋转相关时间的程序。 HYCUDis 的用途通过其对核糖体蛋白 L7/L12 的应用得到证明。 HYCUD 预测的旋转相关时间可用于检测由域间链接器中的无序-有序转换介导的分子开关事件。可用性和实现：源代码和文档可在 www.mpibpc.mpg.de/106144/software 上获得。联系方式：mzwecks@gwdg.de 或 nare@nmr.mpibpc.mpg.de 补充信息：补充材料可用在生物信息学在线。
Motivation:A large fraction of eukaryotic proteins contain unstructured tails or linkers. The presence of flexible regions allows these systems to experience a high level of mobility facilitating their biological function. The complex nature of protein rotation in such flexible modular systems precludes a straightforward application of hydrodynamic methods to calculate their rotational motional properties. We describe the workflow of HYdrodynamic CoUpling of Domains (HYCUD), a program for prediction of effective rotational correlation times in multidomain proteins. The usage ofHYCUDis demonstrated by its application to the ribosomal protein L7/L12. Rotational correlation times predicted byHYCUDmight be used to detect molecular switch events mediated by disorder–order transitions in interdomain linkers.Availability and implementation:The source code and documentation are available at www.mpibpc.mpg.de/106144/software.Contact:mzwecks@gwdg.de or nare@nmr.mpibpc.mpg.deSupplementary information:Supplementary material is available atBioinformaticsonline.
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