An in vitro-selected RNA receptor for the GAAC loop: modular receptor for non-GNRA-type tetraloop.
An in vitro-selected RNA receptor for the GAAC loop: modular receptor for non-GNRA-type tetraloop.
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DOI：
10.1093/nar/gkt040
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发表时间：
2013-04-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ikawa Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ishikawa J;Furuta H;Ikawa Y
尽管从RNA文库中分离出了可以在功能上取代GNRA/受体相互作用的人工RNA基序（一类RNA-RNA相互作用基序）并用于产生设计的RNA结构，但在自然界中尚未发现非GNRA四环的受体，也未从RNA文库中选择非GNRA四环的受体。在这项研究中，我们报告成功分离的受体基序与GAAC，一个非GNRA四环，嵌入在催化RNA的随机序列相互作用。GAAC/受体相互作用基序在三种结构背景下的生物化学表征表明其结合亲和力，选择性和结构自主性。该基序具有与GNRA/受体相当的结合亲和力，与GNRA/受体正交的选择性和结构自主性，即使在大RNA背景下。这些特征将有利于使用基序作为设计RNA的结构单元。分离的基序也可以用作查询序列以搜索未鉴定的天然存在的GANC受体基序。
Although artificial RNA motifs that can functionally replace the GNRA/receptor interaction, a class of RNA–RNA interacting motifs, were isolated from RNA libraries and used to generate designer RNA structures, receptors for non-GNRA tetraloops have not been found in nature or selected from RNA libraries. In this study, we report successful isolation of a receptor motif interacting with GAAC, a non-GNRA tetraloop, from randomized sequences embedded in a catalytic RNA. Biochemical characterization of the GAAC/receptor interacting motif within three structural contexts showed its binding affinity, selectivity and structural autonomy. The motif has binding affinity comparable with that of a GNRA/receptor, selectivity orthogonal to GNRA/receptors and structural autonomy even in a large RNA context. These features would be advantageous for usage of the motif as a building block for designer RNAs. The isolated motif can also be used as a query sequence to search for unidentified naturally occurring GANC receptor motifs.
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DOI：
10.1073/pnas.0405886101
发表时间：
2004-09-21
影响因子：
11.1
作者：
Ikawa, Y;Tsuda, K;Inoue, T
通讯作者：
Inoue, T
DOI：
10.1016/j.bbrc.2005.11.007
发表时间：
2006-01-06
影响因子：
3.1
作者：
Horie, S;Ikawa, Y;Inoue, T
通讯作者：
Inoue, T
影响因子：
3.9
作者：
Ishikawa, Junya;Matsumura, Shigeyoshi;Ikawa, Yoshiya
通讯作者：
Ikawa, Yoshiya
影响因子：
14.9
作者：
Geary C;Baudrey S;Jaeger L
通讯作者：
Jaeger L
影响因子：
5.6
作者：
Keating, Kevin S.;Toor, Navtej;Pyle, Anna Marie
通讯作者：
Pyle, Anna Marie