An ancient genome duplication contributed to the abundance of metabolic genes in the moss Physcomitrella patens.
An ancient genome duplication contributed to the abundance of metabolic genes in the moss Physcomitrella patens.
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DOI：
10.1186/1471-2148-7-130
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发表时间：
2007-08-02
影响因子：
3.4
通讯作者：
Reski R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rensing SA;Ick J;Fawcett JA;Lang D;Zimmer A;Van de Peer Y;Reski R
对完整基因组和大量基因转录本的分析表明，大多数（如果不是所有的话）种子植物在其进化史中经历了一次或多次基因组复制。在这项研究中，基于大量收集的EST序列，我们提供的证据表明，单倍体藓小立碗藓是一个古多倍体以及。基于线性系统发育树的构建，我们推断基因组复制发生在3000万至6000万年前。基因本体论和路径关联分析揭示了与种子植物相比，展枝侧耳中重复基因保留的不同偏向。在基因组复制后，代谢基因似乎被过量保留在P.patens中。这可能，至少部分地，解释了代谢的多样性，如描述的P.patens和其他苔藓，与其他陆地植物相比。
Analyses of complete genomes and large collections of gene transcripts have shown that most, if not all seed plants have undergone one or more genome duplications in their evolutionary past. In this study, based on a large collection of EST sequences, we provide evidence that the haploid moss Physcomitrella patens is a paleopolyploid as well. Based on the construction of linearized phylogenetic trees we infer the genome duplication to have occurred between 30 and 60 million years ago. Gene Ontology and pathway association of the duplicated genes in P. patens reveal different biases of gene retention compared with seed plants. Metabolic genes seem to have been retained in excess following the genome duplication in P. patens. This might, at least partly, explain the versatility of metabolism, as described for P. patens and other mosses, in comparison to other land plants.
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影响因子：
7
作者：
Blanc, G;Hokamp, K;Wolfe, KH
通讯作者：
Wolfe, KH
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14.9
作者：
Harris, MA;Clark, J;White, R
通讯作者：
White, R
影响因子：
4.3
作者：
Heber, U;Bilger, W;Lange, OL
通讯作者：
Lange, OL
影响因子：
3.5
作者：
Hayashi, Ken-ichiro;Kawaide, Hiroshi;Nozaki, Hiroshi
通讯作者：
Nozaki, Hiroshi
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y