Single cell RNA sequencing of stem cell-derived retinal ganglion cells.
Single cell RNA sequencing of stem cell-derived retinal ganglion cells.
复制标题
干细胞来源的视网膜神经节细胞的单细胞 RNA 测序。
DOI：
10.1038/sdata.2018.13
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发表时间：
2018-02-13
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Hewitt AW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Daniszewski M;Senabouth A;Nguyen QH;Crombie DE;Lukowski SW;Kulkarni T;Sluch VM;Jabbari JS;Chamling X;Zack DJ;Pébay A;Powell JE;Hewitt AW
我们使用单细胞测序技术在单细胞水平上表征了 1,174 个人类胚胎干细胞来源的视网膜神经节细胞 (RGC) 的转录组。使用引导分化方法将人胚胎干细胞系 BRN3B-mCherry (A81-H7) 分化为 RGC。第 36 天收获细胞并准备用于单细胞 RNA 测序。我们的数据表明存在三种不同的细胞亚群，具有不同的成熟度。一组 288 个细胞显示出参与轴突引导的基因表达增加，以及信号蛋白相互作用、细胞-细胞外基质相互作用和 ECM 蛋白聚糖，表明更成熟的 RGC 表型。
We used single cell sequencing technology to characterize the transcriptomes of 1,174 human embryonic stem cell-derived retinal ganglion cells (RGCs) at the single cell level. The human embryonic stem cell line BRN3B-mCherry (A81-H7), was differentiated to RGCs using a guided differentiation approach. Cells were harvested at day 36 and prepared for single cell RNA sequencing. Our data indicates the presence of three distinct subpopulations of cells, with various degrees of maturity. One cluster of 288 cells showed increased expression of genes involved in axon guidance together with semaphorin interactions, cell-extracellular matrix interactions and ECM proteoglycans, suggestive of a more mature RGC phenotype.
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