Methylation markers of early-stage non-small cell lung cancer.
Methylation markers of early-stage non-small cell lung cancer.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0039813
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Tõnisson N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lokk K;Vooder T;Kolde R;Välk K;Võsa U;Roosipuu R;Milani L;Fischer K;Koltsina M;Urgard E;Annilo T;Metspalu A;Tõnisson N
尽管在早期癌症检测方面进行了大量研究，但缺乏用于可靠检测恶性肿瘤（包括非小细胞肺癌（NSCLC））的生物标志物。DNA甲基化改变在各种类型的癌症中是常见的且相对稳定的，并且可以用作诊断或预后生物标志物。我们使用覆盖超过14，500个基因的启动子区域的微阵列对来自48名I期NSCLC患者的样本和18名匹配的无癌肺样本进行了DNA甲基化分析。我们将DNA甲基化变化与基因表达水平相关联，并进行生存分析。我们在NSCLC中观察到379个基因中的496个CpG的高甲基化和335个基因中的373个CpG的低甲基化。与腺癌样本相比，鳞状细胞癌样本在223个高甲基化基因中有263个CpG，在436个低甲基化基因中有513个CpG。区分NSCLC和对照样本的869个CpG位点中的378个（43.5%）显示CpG位点甲基化与基因表达水平之间呈负相关。作为生存分析的结果，我们在10个基因中发现了10个CpG，其中甲基化水平在不同的生存组中不同。我们已经确定了一组在NSCLC中甲基化改变的基因，并发现其中少数与基因表达水平呈负相关。我们还发现了一组与患者生存相关的基因。这些新发现的用于NSCLC分子筛查的候选标记物需要进一步分析，以确定其临床实用性。
Despite of intense research in early cancer detection, there is a lack of biomarkers for the reliable detection of malignant tumors, including non-small cell lung cancer (NSCLC). DNA methylation changes are common and relatively stable in various types of cancers, and may be used as diagnostic or prognostic biomarkers. We performed DNA methylation profiling of samples from 48 patients with stage I NSCLC and 18 matching cancer-free lung samples using microarrays that cover the promoter regions of more than 14,500 genes. We correlated DNA methylation changes with gene expression levels and performed survival analysis. We observed hypermethylation of 496 CpGs in 379 genes and hypomethylation of 373 CpGs in 335 genes in NSCLC. Compared to adenocarcinoma samples, squamous cell carcinoma samples had 263 CpGs in 223 hypermethylated genes and 513 CpGs in 436 hypomethylated genes. 378 of 869 (43.5%) CpG sites discriminating the NSCLC and control samples showed an inverse correlation between CpG site methylation and gene expression levels. As a result of a survival analysis, we found 10 CpGs in 10 genes, in which the methylation level differs in different survival groups. We have identified a set of genes with altered methylation in NSCLC and found that a minority of them showed an inverse correlation with gene expression levels. We also found a set of genes that associated with the survival of the patients. These newly-identified marker candidates for the molecular screening of NSCLC will need further analysis in order to determine their clinical utility.
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