OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.
OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1005659
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发表时间：
2017-07
影响因子：
4.3
通讯作者：
Pande VS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eastman P;Swails J;Chodera JD;McGibbon RT;Zhao Y;Beauchamp KA;Wang LP;Simmonett AC;Harrigan MP;Stern CD;Wiewiora RP;Brooks BR;Pande VS
OpenMM是一个分子动力学模拟工具包，具有独特的可扩展性。它允许用户轻松地添加新功能，包括具有新功能形式的力，新的集成算法和新的仿真协议。这些功能可以自动在所有支持的硬件类型（包括CPU和GPU）上运行，并且在所有硬件类型上都表现良好。在许多情况下，它们需要最少的编码，只是对所需函数的数学描述。它们也不需要修改OpenMM本身，并且可以独立于OpenMM分发。这使其成为研究人员开发新模拟方法的理想工具，并允许这些新方法立即提供给更大的社区。
OpenMM is a molecular dynamics simulation toolkit with a unique focus on extensibility. It allows users to easily add new features, including forces with novel functional forms, new integration algorithms, and new simulation protocols. Those features automatically work on all supported hardware types (including both CPUs and GPUs) and perform well on all of them. In many cases they require minimal coding, just a mathematical description of the desired function. They also require no modification to OpenMM itself and can be distributed independently of OpenMM. This makes it an ideal tool for researchers developing new simulation methods, and also allows those new methods to be immediately available to the larger community.
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影响因子：
5.5
作者：
Goetz, Andreas W.;Williamson, Mark J.;Xu, Dong;Poole, Duncan;Le Grand, Scott;Walker, Ross C.
通讯作者：
Walker, Ross C.
DOI：
10.1073/pnas.1106094108
发表时间：
2011-11-08
影响因子：
11.1
作者：
Nilmeier, Jerome P.;Crooks, Gavin E.;Chodera, John D.
通讯作者：
Chodera, John D.
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
5.5
作者：
Lopes, Pedro E. M.;Huang, Jing;Shim, Jihyun;Luo, Yun;Li, Hui;Roux, Benoit;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
4.4
作者：
JORGENSEN, WL;CHANDRASEKHAR, J;KLEIN, ML
通讯作者：
KLEIN, ML