BEAN 2.0: an integrated web resource for the identification and functional analysis of type III secreted effectors.
BEAN 2.0: an integrated web resource for the identification and functional analysis of type III secreted effectors.
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BEAN 2.0：用于识别和功能分析 III 型分泌效应器的综合网络资源
DOI：
10.1093/database/bav064
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dong X;Lu X;Zhang Z
革兰氏阴性致病菌将III型分泌效应物（T3SEs）注入宿主细胞，破坏其免疫信号网络。由于t3se是病原体毒力和宿主防御的交汇点，因此是宿主-病原体相互作用研究界关注的热点。为了加速对t3se的识别和功能理解，我们提出了BEAN 2.0作为一个集成的web资源来预测、分析和存储t3se。BEAN 2.0包括三个主要组件。首先，它提供了一个基于混合方法的准确T3SE预测器。使用独立检测数据，我们发现BEAN 2.0的灵敏度为86.05%，特异性为100%。第二，集成了一套在线序列分析工具。用户可以进一步无缝地对假定的t3se进行功能分析，如亚细胞定位预测、功能域扫描、无序区标注等。第三，构建了1215个实验验证的t3se数据库，并构建了两个t3se相关网络，用于探索t3se之间的关系。综上所述，通过提供一站式的T3SE生物信息学资源，我们希望BEAN 2.0能够促进对T3SE功能和演化的全面了解。数据库地址：http://systbio.cau.edu.cn/bean/
Gram-negative pathogenic bacteria inject type III secreted effectors (T3SEs) into host cells to sabotage their immune signaling networks. Because T3SEs constitute a meeting-point of pathogen virulence and host defense, they are of keen interest to host–pathogen interaction research community. To accelerate the identification and functional understanding of T3SEs, we present BEAN 2.0 as an integrated web resource to predict, analyse and store T3SEs. BEAN 2.0 includes three major components. First, it provides an accurate T3SE predictor based on a hybrid approach. Using independent testing data, we show that BEAN 2.0 achieves a sensitivity of 86.05% and a specificity of 100%. Second, it integrates a set of online sequence analysis tools. Users can further perform functional analysis of putative T3SEs in a seamless way, such as subcellular location prediction, functional domain scan and disorder region annotation. Third, it compiles a database covering 1215 experimentally verified T3SEs and constructs two T3SE-related networks that can be used to explore the relationships among T3SEs. Taken together, by presenting a one-stop T3SE bioinformatics resource, we hope BEAN 2.0 can promote comprehensive understanding of the function and evolution of T3SEs. Database URL: http://systbio.cau.edu.cn/bean/
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