Phylogenetic analysis and gene functional predictions: Phylogenomics in action
Phylogenetic analysis and gene functional predictions: Phylogenomics in action
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DOI：
10.1006/tpbi.2002.1594
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发表时间：
2002-06-01
影响因子：
1.4
通讯作者：
Wu, M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eisen, JA;Wu, M
对基因进行准确的功能预测是这个高通量基因和基因组测序时代的关键一步。虽然大多数功能预测方法本质上都是比较性的，但许多方法并没有利用进化视角为任何比较生物学分析提供的力量。在这里，我们回顾一下进化分析如何极大地有益于基于同源性和非同源性的功能预测方法。讨论的例子包括直系学的系统发育确定、基因功能的特征状态重建分析的使用以及基因进化的速率和模式的进化分析。 (C) 2002 年爱思唯尔科学（美国）。
Making accurate functional predictions for genes is a key step in this era of high throughput gene and genome sequencing. While most functional prediction methods are comparative in nature, many do not take advantage of the power that an evolutionary perspective provides to any comparative biology analysis. Here we review how evolutionary analysis can greatly benefit both homology-based and non-homology-based functional prediction methods. Examples that are discussed include phylogenetic determination of orthology, the use of character state reconstruction analysis of gene function, and evolutionary analysis of rates and patterns of gene evolution. (C) 2002 Elsevier Science (USA).