MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels.
MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels.
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DOI：
10.1093/nar/gks363
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Otyepka M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berka K;Hanák O;Sehnal D;Banás P;Navrátilová V;Jaiswal D;Ionescu CM;Svobodová Vareková R;Koca J;Otyepka M
生物分子通道在许多生物系统中扮演着重要的角色，如酶、核糖体和离子通道。本文介绍了一个基于网络的交互式MOLEOnline 2.0应用程序，用于分析内部分子空穴的访问/出口路径。MOLEOnline 2.0支持对(生物)大分子通道、隧道和孔隙进行独立于平台、易于使用和交互的分析。结果以清晰的方式呈现，使其易于解释。对于每个渠道，MOLEOnline显示该渠道的3D图形表示，其概况伴随着衬里残留物的列表，以及其基本物理化学性质。用户可以在执行频道搜索时调整高级参数，以根据他们的需要指导搜索。MOLEOnline 2.0应用程序可通过互联网免费获得，网址为http://ncbr.muni.cz/mole或http://mole.upol.cz.
Biomolecular channels play important roles in many biological systems, e.g. enzymes, ribosomes and ion channels. This article introduces a web-based interactive MOLEonline 2.0 application for the analysis of access/egress paths to interior molecular voids. MOLEonline 2.0 enables platform-independent, easy-to-use and interactive analyses of (bio)macromolecular channels, tunnels and pores. Results are presented in a clear manner, making their interpretation easy. For each channel, MOLEonline displays a 3D graphical representation of the channel, its profile accompanied by a list of lining residues and also its basic physicochemical properties. The users can tune advanced parameters when performing a channel search to direct the search according to their needs. The MOLEonline 2.0 application is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/mole or http://mole.upol.cz.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/8.3.275
发表时间：
1992-06-01
期刊：
COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES
影响因子：
--
作者：
JONES, DT;TAYLOR, WR;THORNTON, JM
通讯作者：
THORNTON, JM
影响因子：
56.9
作者：
Doyle, DA;Cabral, JM;MacKinnon, R
通讯作者：
MacKinnon, R
影响因子：
3.5
作者：
MacKinnon, R
通讯作者：
MacKinnon, R
影响因子：
16.8
作者：
Guskov, Albert;Kern, Jan;Saenger, Wolfram
通讯作者：
Saenger, Wolfram
影响因子：
3.9
作者：
Conner KP;Woods CM;Atkins WM
通讯作者：
Atkins WM