GraphAligner: rapid and versatile sequence-to-graph alignment.
GraphAligner: rapid and versatile sequence-to-graph alignment.
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DOI：
10.1186/s13059-020-02157-2
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发表时间：
2020-09-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Marschall T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rautiainen M;Marschall T
基因组图可以表示遗传变异和序列的不确定性。将序列与基因组图对齐是许多应用的关键，包括错误校正、基因组组装和泛基因组图中变异的基因分型。然而，到目前为止，这一步骤往往过于缓慢。我们提出了GraphAligner，一个将长读数与基因组图对齐的工具。与最先进的工具相比，graphhaligner的速度快13倍，使用的内存少3倍。当使用graphhaligner进行纠错时，我们发现它的准确性是现有工具的两倍多，速度超过12倍。可用性：包管理器：https://anaconda.org/bioconda/graphalignerand源代码：https://github.com/maickrau/GraphAligner
Genome graphs can represent genetic variation and sequence uncertainty. Aligning sequences to genome graphs is key to many applications, including error correction, genome assembly, and genotyping of variants in a pangenome graph. Yet, so far, this step is often prohibitively slow. We present GraphAligner, a tool for aligning long reads to genome graphs. Compared to the state-of-the-art tools, GraphAligner is 13x faster and uses 3x less memory. When employing GraphAligner for error correction, we find it to be more than twice as accurate and over 12x faster than extant tools.Availability: Package manager: https://anaconda.org/bioconda/graphalignerand source code: https://github.com/maickrau/GraphAligner
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影响因子：
1.7
作者：
Kavya, Vaddadi Naga Sai;Tayal, Kshitij;Sivadasan, Naveen
通讯作者：
Sivadasan, Naveen
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw279
发表时间：
2016-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chikhi R;Limasset A;Medvedev P
通讯作者：
Medvedev P
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu014
发表时间：
2014-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Durbin R
通讯作者：
Durbin R