慢性阻塞性肺疾病肺泡巨噬细胞差异表达基因的生物信息学分析
慢性阻塞性肺疾病肺泡巨噬细胞差异表达基因的生物信息学分析
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DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
李泽庚
中科院分区：
文献类型：
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作者：
王小乐;朱洁;童佳兵;吴凡;高雅婷;王心恒;李泽庚
目的通过生物信息学技术分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺泡巨噬细胞(AM)差异表达基因(DEG)及其在COPD发病中的可能作用。方法下载基因表达数据集(GEO)数据库中COPD患者AM研究芯片和测序数据,应用R软件中limma和Degseq2包获取差异表达基因,并通过基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用分析(PPI)及关键基因(hub基因)分析,预测DEG可能参与的分子生物学机制。结果通过整合3个数据集,共获得AM的43个DEG,功能预测发现43个DEG主要与趋化因子、细胞因子、补体、细胞色素P450等相关,其主要涉及显著低表达的CXC趋化因子配体9 (CXCL9)、CXCL11等及显著高表达的细胞色素P450家族1亚家族B成员1 (CYP1B1)。结论COPD患者AM的DEG与免疫和炎症的分子机制相关,可能参与COPD慢性炎症的发病机制。