FASTSNP: an always up-to-date and extendable service for SNP function analysis and prioritization.
FASTSNP: an always up-to-date and extendable service for SNP function analysis and prioritization.
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DOI：
10.1093/nar/gkl236
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hsu CN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuan HY;Chiou JJ;Tseng WH;Liu CH;Liu CK;Lin YJ;Wang HH;Yao A;Chen YT;Hsu CN
基于表型风险的单核苷酸多态性（SNP）优先级对于关联研究是必不可少的。风险评估需要访问各种不同的生物数据库和分析工具。FASTSNP（单核苷酸多态性功能分析和选择工具）是一个Web服务器，允许用户根据其表型风险和推定的功能效应有效地识别和优先考虑高风险SNP。FASTSNP的一个独特功能是用于SNP优先级的功能效应信息始终是最新的，因为FASTSNP使用一组Web包装代理在查询时从11个外部Web服务器提取信息。此外，FASTSNP是可扩展的，只需部署更多的Web包装代理。为了验证我们的优先排序结果，我们分析了SNP500癌症数据库中的1569个SNP。结果表明，具有高预测风险的SNP表现出低等位基因频率的次要等位基因，与一个众所周知的发现，即功能多态性存在强大的选择压力。我们已经使用FASTSNP两年了，FASTSNP使我们能够发现一种新的启动子多态性。FASTSNP可在。
Single nucleotide polymorphism (SNP) prioritization based on the phenotypic risk is essential for association studies. Assessment of the risk requires access to a variety of heterogeneous biological databases and analytical tools. FASTSNP (function analysis and selection tool for single nucleotide polymorphisms) is a web server that allows users to efficiently identify and prioritize high-risk SNPs according to their phenotypic risks and putative functional effects. A unique feature of FASTSNP is that the functional effect information used for SNP prioritization is always up-to-date, because FASTSNP extracts the information from 11 external web servers at query time using a team of web wrapper agents. Moreover, FASTSNP is extendable by simply deploying more Web wrapper agents. To validate the results of our prioritization, we analyzed 1569 SNPs from the SNP500Cancer database. The results show that SNPs with a high predicted risk exhibit low allele frequencies for the minor alleles, consistent with a well-known finding that a strong selective pressure exists for functional polymorphisms. We have been using FASTSNP for 2 years and FASTSNP enables us to discover a novel promoter polymorphism. FASTSNP is available at .
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作者：
Ramensky, V;Bork, P;Sunyaev, S
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通讯作者：
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10.1002/asi.20139
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2005-03-01
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--
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