Piggy: a rapid, large-scale pan-genome analysis tool for intergenic regions in bacteria
Piggy: a rapid, large-scale pan-genome analysis tool for intergenic regions in bacteria
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Piggy：一种快速、大规模的细菌基因间区域泛基因组分析工具
DOI：
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
E. Feil
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Harry A. Thorpe;S. Bayliss;S. Sheppard;E. Feil
尽管有大量证据表明细菌基因间区（IGRs）的变异会影响表型，但目前大多数分析泛基因组的方法都只关注蛋白质编码序列。为了解决这个问题，我们提出了Piggy，这是一个模仿Roary的新颖管道，只是它只基于igr。我们展示了使用猪对金黄色葡萄球菌和大肠杆菌使用大基因组数据集的泛基因组分析。对于金黄色葡萄球菌，我们发现高度分化（“切换”）的IGR与基因表达差异相关，并建立了IGR等位基因的多位点参考数据库（igMLST；在BIGSdb中实现）。小猪可以在https://github.com/harry-thorpe/piggy上找到。
Despite overwhelming evidence that variation in intergenic regions (IGRs) in bacteria impacts on phenotypes, most current approaches for analysing pan-genomes focus exclusively on protein-coding sequences. To address this we present Piggy, a novel pipeline that emulates Roary except that it is based only on IGRs. We demonstrate the use of Piggy for pan-genome analyses of Staphylococcus aureus and Escherichia coli using large genome datasets. For S. aureus, we show that highly divergent (“switched”) IGRs are associated with differences in gene expression, and we establish a multi-locus reference database of IGR alleles (igMLST; implemented in BIGSdb). Piggy is available at https://github.com/harry-thorpe/piggy.
DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
Systems Biology
通讯作者：
Systems Biology