LongISLND: in silico sequencing of lengthy and noisy datatypes.
LongISLND: in silico sequencing of lengthy and noisy datatypes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw602
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发表时间：
2016-12-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lam HY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lau B;Mohiyuddin M;Mu JC;Fang LT;Bani Asadi N;Dallett C;Lam HY
摘要：LongISLND是根据第三代单分子测序技术的特点设计的一个模拟测序数据的软件包。通用软件架构易于扩展，太平洋生物科学(PacBio)P5和P6化学多通道测序的仿真证明了这一点，产生了FASTQ、H5和最新的PacBio BAM格式的数据。我们通过建立共识和变量调用的下游处理来展示它的有效性。可获得性和实施：LongISLND是用JAVA实现的，可通过http://bioinform.github.io/longislnd联系：hugo.lam@roche.com补充信息：补充数据可在生物信息学在线上获得。
Summary: LongISLND is a software package designed to simulate sequencing data according to the characteristics of third generation, single-molecule sequencing technologies. The general software architecture is easily extendable, as demonstrated by the emulation of Pacific Biosciences (PacBio) multi-pass sequencing with P5 and P6 chemistries, producing data in FASTQ, H5, and the latest PacBio BAM format. We demonstrate its utility by downstream processing with consensus building and variant calling. Availability and Implementation: LongISLND is implemented in Java and available at http://bioinform.github.io/longislnd Contact: hugo.lam@roche.com Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu828
发表时间：
2015-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Mu JC;Mohiyuddin M;Li J;Bani Asadi N;Gerstein MB;Abyzov A;Wong WH;Lam HY
通讯作者：
Lam HY
影响因子：
46.9
作者：
Berlin, Konstantin;Koren, Sergey;Phillippy, Adam M.
通讯作者：
Phillippy, Adam M.
影响因子：
56.9
作者：
Eid, John;Fehr, Adrian;Turner, Stephen
通讯作者：
Turner, Stephen
影响因子：
48
作者：
Chin, Chen-Shan;Alexander, David H.;Korlach, Jonas
通讯作者：
Korlach, Jonas