Preparation of Short 5'-Triphosphorylated Oligoribonucleotides for Crystallographic and Biochemical Studies.
Preparation of Short 5'-Triphosphorylated Oligoribonucleotides for Crystallographic and Biochemical Studies.
复制标题
用于晶体学和生化研究的短 5-三磷酸化寡核糖核苷酸的制备。
DOI：
10.1007/978-1-4939-2763-0_2
复制
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Serganov,Alexander
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vasilyev,Nikita;Serganov,Alexander
RNA分子参与了几乎所有的细胞过程，从遗传信息的传递到基因表达的控制。在细胞中，许多rna与蛋白质形成特定的相互作用，通常使用短核苷酸序列进行蛋白质识别。这种rna -蛋白复合物的生化和结构研究需要制备短rna。虽然短RNA可以化学合成，但某些蛋白质需要RNA 5 '端上的单磷酸或三磷酸基团。由于化学三磷酸化的高成本，这种rna的广泛应用是不切实际的。通过dna依赖性噬菌体T7 RNA聚合酶在体外转录RNA，为制备具有不同磷酸化状态和5 '端修饰的短RNA提供了另一种选择。在这里，我们概述了体外转录方法，用于制备≤5聚寡核苷酸的结构和生化应用。本章描述了结构设计，体外转录和RNA纯化的原则，用于表征靶向RNA 5 '端的蛋白质。
RNA molecules participate in virtually all cellular processes ranging from transfer of hereditary information to gene expression control. In cells, many RNAs form specific interactions with proteins often using short nucleotide sequences for protein recognition. Biochemical and structural studies of such RNA–protein complexes demand preparation of short RNAs. Although short RNAs can be synthesized chemically, certain proteins require monophosphate or triphosphate moieties on the 5′ end of RNA. Given high cost of chemical triphosphorylation, broad application of such RNAs is impractical. In vitro transcription of RNA by DNA-dependent bacteriophage T7 RNA polymerase provides an alternative option to prepare short RNAs with different phosphorylation states as well as modifications on the 5′ terminus. Here we outline the in vitro transcription methodology employed to prepare ≤5-mer oligoribonucleotide for structural and biochemical applications. The chapter describes the principles of construct design, in vitro transcription and RNA purification applied for characterization of a protein that targets the 5′ end of RNA.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.5
作者：
Pleiss, JA;Derrick, ML;Uhlenbeck, OC
通讯作者：
Uhlenbeck, OC
影响因子：
4.8
作者：
Rong, M;Durbin, RK;McAllister, WT
通讯作者：
McAllister, WT
T7 RNA 聚合酶转录起始的前稳态动力学：一种新的动力学模型。
影响因子：
5.6
作者：
I. Kuzmine;Craig T Martin
通讯作者：
Craig T Martin
影响因子：
14.9
作者：
MILLIGAN, JF;GROEBE, DR;UHLENBECK, OC
通讯作者：
UHLENBECK, OC
影响因子：
4.5
作者：
Kao, C;Zheng, M;Rüdisser, S
通讯作者：
Rüdisser, S