动脉性肺动脉高压相关基因的生物信息学分析
动脉性肺动脉高压相关基因的生物信息学分析
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DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
李亚峰
中科院分区：
文献类型：
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作者：
张厦栋;辛晓红;常敏静;段琦;王倩;李亚峰
目的 通过 GEO 数据库转录组和 miRNA 基因芯片数据筛选和分析动脉性肺动脉高压相关基因。方法 通过 GEO 数据库收集转.录组数据集（GSE113439、GSE53408）和 miRNA 数据集（GSE21284、GSE55427）。使用 R3.5.2 软件进行差异分析，筛选差异表达.基因和 miRNA，通过 miRNet 数据库筛选差异 miRNA 的靶基因，利用 FunRich 3.13 软件分析共同差异基因。最后用 Cytoscape 3.7.2 软.件进行动脉性肺动脉高压相关生物过程和通路分析，筛选与动脉性肺动脉高压致病机制相关的潜在基因。结果 最终分析确定 188 个.上调基因、50 个 miRNA、20 个生物过程和通路。其中与细胞增殖、迁移、凋亡及免疫紧密相关的 GO 生物过程和 Reactome 通路有 5.个：GO:0097581 细胞板状伪足相关、GO:0030866 皮质肌动蛋白细胞骨架相关、GO:0002886 骨髓来源的白细胞介导的免疫调节相关、.GO:0031122 细胞质微管组织和生物发生相关、R-HSA:400253 昼夜节律相关。参与调控的主要相关基因为：ANLN、BIRC3、CHD9、.CLOCK、CXCL8、DST、FER、HIF1A、KIF23、PCM1、PLS1、ROCK2、TWF1。miRNA 为 hsa-miR-129-5p、hsa-miR-485-3p、hsalet-7b-5p、hsa-miR-215、hsa-miR-519a-3p、hsa-miR-519c-3p、hsa-miR-98-5p、hsa-miR-380-3p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-.23a-3p、hsa-miR-642-5p。结论 筛选出的基因ANLN、BIRC3、CLOCK、DST、FER、KIF23、PCM1、PLS1、TWF1 可能关系到血管重构，.这为动脉性肺动脉高压的治疗提供新的思路，为发展新的抗血管重构治疗提供更多可能的手段。