独行菜种子转录组的高通量测序及分析
独行菜种子转录组的高通量测序及分析
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DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
赵和平
中科院分区：
文献类型：
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作者：
周 茜;赵惠新;李萍萍;曾卫军;李艳红;葛风伟;赵君洁;赵和平
独行菜种子为我国传统常用中药，从中已提取出多种药用活性成分，但目前尚不清楚其次.级代谢过程中这些活性物质合成的遗传基础。采用 Illumina Hiseq TM 2000 高通量测序平台对独行.菜种子转录组进行测序，经 de novo 组装后获得40 303 条 unigene。进一步利用六大公共数据库进.行同源比对，注释了 27 935 条 unigene。研究发现，534 个基因参与了独行菜次生物质的合成和代.谢，其中在芥子苷、黄酮类和芪类化合物生物合成途径中的 unigene 分别有 4 个、19 个和 69 个，在.苯丙氨酸代谢途径中的 unigene 有 92 个。这些基因可能参与独行菜种子药性活性物质的生物合.成，并分析获得了参与上述合成代谢途径的 13 个关键基因的同源序列。另外，从转录组序列中搜.索到 6 304 个 SSＲ 位点，分布于 5 306 条 unigene 中，出现频率为 15． 64%。研究结果不仅为挖掘.独行菜种子药用次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息，而且为独行菜遗传多样性.研究和分子标记开发奠定了分子基础。