LTR_FINDER: an efficient tool for the prediction of full-length LTR retrotransposons.
LTR_FINDER: an efficient tool for the prediction of full-length LTR retrotransposons.
复制标题
ltr_finder：用于预测全长LTR逆转座子的有效工具。
DOI：
10.1093/nar/gkm286
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang, Hao
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Zhao;Wang, Hao
长末端重复反转录转座子（LTR元件）是真核生物中普遍存在的转座子元件。它们在基因和基因组的进化中起着重要的作用。许多生物的基因组序列数量不断增加，对它们的快速鉴定提出了巨大的挑战。这是研究它们的结构、分布、功能和其他生物影响的第一步，也是必不可少的一步。然而，直到今天，有效发现LTR反转录转座子的工具非常有限。因此，我们开发了LTR_FINDER web服务器。在给定DNA序列的情况下，结合LTR反转录转座子的共同结构特征，准确预测全长LTR反转录转座子的位置和结构。LTR_FINDER是一个能够快速扫描大规模序列的系统，也是第一个从头开始查找LTR反转录转座子的web服务器。我们说明了它在酿酒酵母基因组上的应用和性能。web服务器可以在http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/上免费访问。
Long terminal repeat retrotransposons (LTR elements) are ubiquitous eukaryotic transposable elements. They play important roles in the evolution of genes and genomes. Ever-growing amount of genomic sequences of many organisms present a great challenge to fast identifying them. That is the first and indispensable step to study their structure, distribution, functions and other biological impacts. However, until today, tools for efficient LTR retrotransposon discovery are very limited. Thus, we developed LTR_FINDER web server. Given DNA sequences, it predicts locations and structure of full-length LTR retrotransposons accurately by considering common structural features. LTR_FINDER is a system capable of scanning large-scale sequences rapidly and the first web server for ab initio LTR retrotransposon finding. We illustrate its usage and performance on the genome of Saccharomyces cerevisiae. The web server is freely accessible at http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/.