RNA splicing is a primary link between genetic variation and disease.
RNA splicing is a primary link between genetic variation and disease.
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DOI：
10.1126/science.aad9417
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发表时间：
2016-04-29
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pritchard JK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li YI;van de Geijn B;Raj A;Knowles DA;Petti AA;Golan D;Gilad Y;Pritchard JK
非编码变异体在复杂性状的遗传学中发挥着核心作用，但我们仍然缺乏对它们发挥作用的分子途径的充分理解。在约鲁巴淋巴母细胞样细胞系（LCLs）中，我们量化了顺式作用的遗传效应在从染色质到蛋白质的基因调控的所有主要阶段的贡献。约65%的表达数量性状位点（eqtl）主要作用于染色质，而其余的eqtl富集于转录区。利用新的方法，我们还检测到2893个剪接qtl，其中大多数对基因水平表达影响很小或没有影响。这些剪接qtl是复杂性状的主要贡献者，与影响基因表达水平的变异大致相当。我们的研究提供了将遗传变异与人类基因调控变异联系起来的机制的全面观点。
Noncoding variants play a central role in the genetics of complex traits, but we still lack a full understanding of the molecular pathways through which they act. We quantified the contribution of cis-acting genetic effects at all major stages of gene regulation from chromatin to proteins, in Yoruba lymphoblastoid cell lines (LCLs). About ~65% of expression quantitative trait loci (eQTLs) have primary effects on chromatin, whereas the remaining eQTLs are enriched in transcribed regions. Using a novel method, we also detected 2893 splicing QTLs, most of which have little or no effect on gene-level expression. These splicing QTLs are major contributors to complex traits, roughly on a par with variants that affect gene expression levels. Our study provides a comprehensive view of the mechanisms linking genetic variation to variation in human gene regulation.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.1260793
发表时间：
2015-02-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Battle A;Khan Z;Wang SH;Mitrano A;Ford MJ;Pritchard JK;Gilad Y
通讯作者：
Gilad Y
遗传和表观遗传变异对基因调节和剪接的组织特异性作用。
影响因子：
4.5
作者：
Gutierrez-Arcelus M;Ongen H;Lappalainen T;Montgomery SB;Buil A;Yurovsky A;Bryois J;Padioleau I;Romano L;Planchon A;Falconnet E;Bielser D;Gagnebin M;Giger T;Borel C;Letourneau A;Makrythanasis P;Guipponi M;Gehrig C;Antonarakis SE;Dermitzakis ET
通讯作者：
Dermitzakis ET
影响因子：
30.8
作者：
Finucane HK;Bulik-Sullivan B;Gusev A;Trynka G;Reshef Y;Loh PR;Anttila V;Xu H;Zang C;Farh K;Ripke S;Day FR;ReproGen Consortium;Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium;RACI Consortium;Purcell S;Stahl E;Lindstrom S;Perry JR;Okada Y;Raychaudhuri S;Daly MJ;Patterson N;Neale BM;Price AL
通讯作者：
Price AL
DOI：
10.1126/science.1183621
发表时间：
2010-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kasowski M;Grubert F;Heffelfinger C;Hariharan M;Asabere A;Waszak SM;Habegger L;Rozowsky J;Shi M;Urban AE;Hong MY;Karczewski KJ;Huber W;Weissman SM;Gerstein MB;Korbel JO;Snyder M
通讯作者：
Snyder M