The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022.
The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022.
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DOI：
10.1093/nar/gkac330
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发表时间：
2022-07-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Altenhoff A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nevers Y;Jones TEM;Jyothi D;Yates B;Ferret M;Portell-Silva L;Codo L;Cosentino S;Marcet-Houben M;Vlasova A;Poidevin L;Kress A;Hickman M;Persson E;Piližota I;Guijarro-Clarke C;OpenEBench team the Quest for Orthologs Consortium;Iwasaki W;Lecompte O;Sonnhammer E;Roos DS;Gabaldón T;Thybert D;Thomas PD;Hu Y;Emms DM;Bruford E;Capella-Gutierrez S;Martin MJ;Dessimoz C;Altenhoff A
矫形基准服务(https://orthology.benchmarkservice.org))是矫形推理评估的黄金标准，由Quest for Orologs联盟支持和维护。它是比较现有的和新的正词学推断方法(许多比较基因组学和系统发育分析的基础)与标准数据集和通过公共程序进行比较的重要资源。寻求同源基因联盟致力于通过定期更新参考蛋白质组和通过OpenEBch平台越来越多地获取数据来保持资源的最新。对于这次更新，我们添加了一个新的基准，基于脊椎动物基因命名委员会精选的正词学断言，并提供了对该平台上存在的公共预测的示例荟萃分析。Quest for Orthogs基准测试服务帮助正畸推理方法开发人员将他们的方法与标准化基准进行比较，用户选择合适的方法，并为共识的正畸调用提供数据。
The Orthology Benchmark Service (https://orthology.benchmarkservice.org) is the gold standard for orthology inference evaluation, supported and maintained by the Quest for Orthologs consortium. It is an essential resource to compare existing and new methods of orthology inference (the bedrock for many comparative genomics and phylogenetic analysis) over a standard dataset and through common procedures. The Quest for Orthologs Consortium is dedicated to maintaining the resource up to date, through regular updates of the Reference Proteomes and increasingly accessible data through the OpenEBench platform. For this update, we have added a new benchmark based on curated orthology assertion from the Vertebrate Gene Nomenclature Committee, and provided an example meta-analysis of the public predictions present on the platform. The Quest for Orthologs benchmarking service helps orthology inference methods developers compare their methods on standardized benchmarks, users to choose appropriate methods and provides data for consensus orthology calls.
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影响因子：
14.9
作者：
Mi H;Ebert D;Muruganujan A;Mills C;Albou LP;Mushayamaha T;Thomas PD
通讯作者：
Thomas PD
影响因子：
14.9
作者：
Pryszcz LP;Huerta-Cepas J;Gabaldón T
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Gabaldón T
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作者：
Persson, Emma;Kaduk, Mateusz;Sonnhammer, Erik L. L.
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作者：
Forslund, Kristoffer;Pereira, Cecile;Lewis, Suzanna
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Shaye, Daniel D.