Multiplex target capture with double-stranded DNA probes.
Multiplex target capture with double-stranded DNA probes.
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DOI：
10.1186/gm454
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Scharfe C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shen P;Wang W;Chi AK;Fan Y;Davis RW;Scharfe C
靶富集技术利用单链寡核苷酸探针在测序之前从DNA样品中捕获候选基因组区域。我们描述了使用双链探针的靶捕获，所述双链探针由单链互补长锁式探针（cLPP）组成，每个cLPP通过环化选择性地捕获基因组靶的一条链。每个靶标使用两个探针增加了变体检测的灵敏度，并且cLPP容易通过PCR以低成本产生。此外，我们介绍了一种方法，用于生成捕获库与均匀随机化的模板方向。这有助于在一个双端读取期间对有义和反义模板链进行双向测序，这使靶覆盖率最大化。
Target enrichment technologies utilize single-stranded oligonucleotide probes to capture candidate genomic regions from a DNA sample before sequencing. We describe target capture using double-stranded probes, which consist of single-stranded, complementary long padlock probes (cLPPs), each selectively capturing one strand of a genomic target through circularization. Using two probes per target increases sensitivity for variant detection and cLPPs are easily produced by PCR at low cost. Additionally, we introduce an approach for generating capture libraries with uniformly randomized template orientations. This facilitates bidirectional sequencing of both the sense and antisense template strands during one paired-end read, which maximizes target coverage.
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影响因子：
14.9
作者：
Fredriksson S;Banér J;Dahl F;Chu A;Ji H;Welch K;Davis RW
通讯作者：
Davis RW
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.4
作者：
Nord AS;Lee M;King MC;Walsh T
通讯作者：
Walsh T
DOI：
10.1073/pnas.0702165104
发表时间：
2007-05-29
影响因子：
11.1
作者：
Dahl, Fredrik;Stenberg, Johan;Ji, Hanlee
通讯作者：
Ji, Hanlee
影响因子：
4.4
作者：
Mondal, Kajari;Shetty, Amol Carl;Zwick, Michael E.
通讯作者：
Zwick, Michael E.