Systematic reconstruction of RNA functional motifs with high-throughput microfluidics
Systematic reconstruction of RNA functional motifs with high-throughput microfluidics
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DOI：
10.1038/nmeth.2225
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发表时间：
2012-12-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Chang, Howard Y.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martin, Lance;Meier, Matthias;Chang, Howard Y.
我们提出了 RNA 机械诱导的分子相互作用捕获 (RNA-MITOMI)，这是一个微流体平台，允许对可编程 RNA 库进行集成合成和功能测定。综合性 RNA 突变体文库与茎环结合蛋白的相互作用精确定义了控制亲和力的 RNA 结构和序列特征。在我们平台上的单个实验中重建的功能基序揭示了新的结合特异性并丰富了系统发育数据的解释。
We present RNA-mechanically induced trapping of molecular interactions (RNA-MITOMI), a microfluidic platform that allows integrated synthesis and functional assays for programmable RNA libraries. The interaction of a comprehensive library of RNA mutants with stem-loop-binding protein precisely defined the RNA structural and sequence features that govern affinity. The functional motif reconstructed in a single experiment on our platform uncovers new binding specificities and enriches interpretation of phylogenetic data.