Coala: an R framework for coalescent simulation
Coala: an R framework for coalescent simulation
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw098
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发表时间：
2016-06
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
P. Staab;D. Metzler
中科院分区：
文献类型：
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作者：
P. Staab;D. Metzler
基于聚合体的无标签模拟程序根据给定的进化模型高效地生成遗传数据。我们提出了Coala，这是一个用统一语法调用联合模拟器的R包。它可以用几个程序执行模拟，计算额外的汇总统计数据，并结合多个模拟来创建更真实的生物学数据。根据麻省理工学院许可的条件，该程序包可在CRAN和https://github.com/statgenlmu/coala上公开使用。联系Metzler@Bio.lmu.de。
UNLABELLED Simulation programs based on the coalescent efficiently generate genetic data according to a given model of evolution. We present coala, an R package for calling coalescent simulators with a unified syntax. It can execute simulations with several programs, calculate additional summary statistics and combine multiple simulations to create biologically more realistic data. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION The package is publicly available on CRAN and on https://github.com/statgenlmu/coala under the conditions of the MIT license. CONTACT metzler@bio.lmu.de.