Transcription imparts architecture, function and logic to enhancer units.
Transcription imparts architecture, function and logic to enhancer units.
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DOI：
10.1038/s41588-020-0686-2
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发表时间：
2020-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Yu H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tippens ND;Liang J;Leung AK;Wierbowski SD;Ozer A;Booth JG;Lis JT;Yu H
远端增强子在发育和疾病中发挥着关键作用，但仍然是最不被了解的调节元件之一。我们使用大规模平行报告分析对两个主要的增强子模型进行了功能比较，发现基因远端转录起始点(TSS)是活性增强子的可靠预测因子，其分辨率高于组蛋白修饰。我们显示了活性增强子单元被活性TSS准确地描绘出来，验证了这些边界对于捕获增强子功能是足够的，并确认了核心启动子序列是这种活性所必需的。我们测试了相邻的增强子，发现它们的联合活性通常是由簇内较强的单元驱动的。最后，我们通过使用CRISPR-Cas9缺失的远端增强子簇的功能解剖来验证这些结果。综上所述，高分辨率增强子边界的定义能够将复杂的调控位点去卷积成模块单位。
Distal enhancers play pivotal roles in development and disease yet remain one of the least understood regulatory elements. We used massively parallel reporter assays to perform functional comparisons of two leading enhancer models and find that gene-distal transcription start sites (TSSs) are robust predictors of active enhancers with higher resolution than histone modifications. We show active enhancer units are precisely delineated by active TSSs, validate that these boundaries are sufficient for capturing enhancer function, and confirm that core promoter sequences are necessary for this activity. We assay adjacent enhancers and find that their joint activity is often driven by the stronger unit within the cluster. Finally, we validate these results through functional dissection of a distal enhancer cluster using CRISPR-Cas9 deletions. In summary, definition of high-resolution enhancer boundaries enables deconvolution of complex regulatory loci into modular units.
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影响因子：
64.8
作者：
Kim HS;Tan Y;Ma W;Merkurjev D;Destici E;Ma Q;Suter T;Ohgi K;Friedman M;Skowronska-Krawczyk D;Rosenfeld MG
通讯作者：
Rosenfeld MG
影响因子：
7
作者：
Inoue, Fumitaka;Kircher, Martin;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
4
作者：
Andersson, Robin
通讯作者：
Andersson, Robin
影响因子：
48
作者：
Chow, Ryan D.;Wang, Guangchuan;Chen, Sidi
通讯作者：
Chen, Sidi
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64.5
作者：
Gasperini, Molly;Hill, Andrew J.;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay