Automation of cDNA synthesis and labelling improves reproducibility.
Automation of cDNA synthesis and labelling improves reproducibility.
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DOI：
10.1155/2009/396808
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发表时间：
2009
影响因子：
--
通讯作者：
Lundeberg J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Klevebring D;Gry M;Lindberg J;Eidefors A;Lundeberg J
背景资料。一些技术，如深度测序和微阵列，使大规模询问基因组和转录本成为可能。在这项研究中，我们通过将所有实验室程序转移到能够处理超顺磁珠的机器人工作站来评估重复性和吞吐量。在这里，我们描述了一种用于微阵列的全自动合成和标记程序，其中标记前和标记后的纯化步骤是基于DNA在羧酸包裹的顺磁珠上的沉淀。结果。这种完全自动化的程序允许平行处理排列在微量滴定板上的样品，而无需人工干预，并确保高重复性。我们将我们的结果与手动样品制备程序进行了比较，此外，使用一个全面的参考数据集来表明所描述的协议比类似的手动程序执行得更好。结论。在自动化基因表达微阵列实验中，我们证明了重复之间的方差降低，从而提高了检测差异表达基因的统计能力，从而允许识别样本之间的较小差异。该方法稍加修改即可用于其他应用，如使用下一代测序技术进行深入分析。
Background. Several technologies, such as in-depth sequencing and microarrays, enable large-scale interrogation of genomes and transcriptomes. In this study, we asses reproducibility and throughput by moving all laboratory procedures to a robotic workstation, capable of handling superparamagnetic beads. Here, we describe a fully automated procedure for cDNA synthesis and labelling for microarrays, where the purification steps prior to and after labelling are based on precipitation of DNA on carboxylic acid-coated paramagnetic beads. Results. The fully automated procedure allows for samples arrayed on a microtiter plate to be processed in parallel without manual intervention and ensuring high reproducibility. We compare our results to a manual sample preparation procedure and, in addition, use a comprehensive reference dataset to show that the protocol described performs better than similar manual procedures. Conclusions. We demonstrate, in an automated gene expression microarray experiment, a reduced variance between replicates, resulting in an increase in the statistical power to detect differentially expressed genes, thus allowing smaller differences between samples to be identified. This protocol can with minor modifications be used to create cDNA libraries for other applications such as in-depth analysis using next-generation sequencing technologies.
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