Rapid profiling of transcription factor-cofactor interaction networks reveals principles of epigenetic regulation.
Rapid profiling of transcription factor-cofactor interaction networks reveals principles of epigenetic regulation.
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转录因子-辅因子相互作用网络的快速分析揭示了表观遗传调控的原理。
DOI：
10.1101/2024.04.05.588333
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发表时间：
2024
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Siggers,T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Inge,MM;Miller,R;Hook,H;Bray,D;Keenan,JL;Zhao,R;Gilmore,TD;Siggers,T
转录因子(TF) -辅因子（COF）相互作用定义了控制基因表达的动态细胞特异性网络；然而，由于缺乏对dna结合的TF-COF复合物进行高通量分析的方法，这些网络尚未得到充分研究。在这里，我们描述了用于快速分析细胞特异性TF-COF复合物的ecofactorrecruitment （CoRec）方法。我们在静息和受刺激的T细胞中定义了赖氨酸乙酰转移酶(KAT) -TF网络。我们发现在许多tf中，kat是混杂招募的，35%的KAT-TF相互作用是条件特异性的。KAT-TF相互作用表明NF-κB是急性诱导组蛋白3赖氨酸27乙酰化（H3K27ac）的主要调节因子。最后，我们发现CBP/ p300募集tf的异型聚类是总启动子H3K27ac的一个强有力的预测因子。我们的数据支持广泛招募KATs的TF位点聚类作为广泛共同发生的组蛋白乙酰化标记的机制。CoRec可以很容易地应用于不同的细胞系统，并提供了一个强大的方法来定义影响染色质状态和基因调控的TF-COF网络。
Transcription factor (TF)–cofactor (COF) interactions define dynamic, cell-specific networks that govern gene expression; however, these networks are understudied due to a lack of methods for high-throughput profiling of DNA-bound TF–COF complexes. Here, we describe theCofactorRecruitment (CoRec) method for rapid profiling of cell-specific TF–COF complexes. We define a lysine acetyltransferase (KAT)–TF network in resting and stimulated T cells. We find promiscuous recruitment of KATs for many TFs and that 35% of KAT–TF interactions are condition specific. KAT–TF interactions identify NF-κB as a primary regulator of acutely induced histone 3 lysine 27 acetylation (H3K27ac). Finally, we find that heterotypic clustering of CBP/P300-recruiting TFs is a strong predictor of total promoter H3K27ac. Our data support clustering of TF sites that broadly recruit KATs as a mechanism for widespread co-occurring histone acetylation marks. CoRec can be readily applied to different cell systems and provides a powerful approach to define TF–COF networks impacting chromatin state and gene regulation.
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