Rapid high-resolution measurement of DNA replication timing by droplet digital PCR
Rapid high-resolution measurement of DNA replication timing by droplet digital PCR
复制标题
通过液滴数字 PCR 快速高分辨率测量 DNA 复制时间
DOI：
10.1101/208546
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Batrakou D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Batrakou D
基因组以可重复的时间模式复制。当前用于测定等位基因复制时间的方法是耗时的和/或昂贵的。其中包括高通量测序，可用于测量 DNA 拷贝数，作为等位基因复制时间的代理。在这里，我们使用液滴数字 PCR 来研究芽殖酵母和人类细胞中多个基因座的 DNA 复制时间。我们确定该方法具有与高通量测序方法相当的时间和空间分辨率，同时比其他位点特异性方法更快。此外，该方法能够进行等位基因区分。我们应用这种方法来确定培养的人类细胞中跨时间过渡区的相对复制时间。最后，可以并行分析多个样本，使我们能够快速筛选着丝粒突变体，以干扰着丝粒复制时间。因此，这种方法非常适合位点特异性复制的研究以及顺式和反式作用突变体的筛选，以确定调节局部基因组复制时间的机制。
Genomes are replicated in a reproducible temporal pattern. Current methods for assaying allele replication timing are time consuming and/or expensive. These include high-throughput sequencing which can be used to measure DNA copy number as a proxy for allele replication timing. Here, we use droplet digital PCR to study DNA replication timing at multiple loci in budding yeast and human cells. We establish that the method has temporal and spatial resolutions comparable to the high-throughput sequencing approaches, while being faster than alternative locus-specific methods. Furthermore, the approach is capable of allele discrimination. We apply this method to determine relative replication timing across timing transition zones in cultured human cells. Finally, multiple samples can be analysed in parallel, allowing us to rapidly screen kinetochore mutants for perturbation to centromere replication timing. Therefore, this approach is well suited to the study of locus-specific replication and the screening ofcis- andtrans-acting mutants to identify mechanisms that regulate local genome replication timing.
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