Uncertainty Quantification in Alchemical Free Energy Methods.
Uncertainty Quantification in Alchemical Free Energy Methods.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.7b01143
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发表时间：
2018-06-12
影响因子：
5.5
通讯作者：
Coveney PV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bhati AP;Wan S;Hu Y;Sherborne B;Coveney PV
炼金术的自由能方法已经获得了很大的重要性，最近从几个报告的改进配体-蛋白质结合亲和力预测的基础上，他们的实施使用分子动力学模拟。大量的变体，这种方法实现不同的加速采样技术和自由能估计是可用的，每一个都声称比别人在自己的方式。然而，这些方法的重现性和相关不确定性的量化的关键特征几乎没有讨论。在这里，我们应用一个系统的协议不确定性量化的一些流行的炼金术自由能的方法，包括绝对和相对自由能的预测。我们表明，提供了一个可靠的测量误差估计系综模拟-一个独立的MD模拟系综-适用于自由能方法无关。使用系综方法的需要是基本的，并且无论进行分子动力学模拟的持续时间如何都是如此。
Alchemical free energy methods have gained much importance recently from several reports of improved ligand–protein binding affinity predictions based on their implementation using molecular dynamics simulations. A large number of variants of such methods implementing different accelerated sampling techniques and free energy estimators are available, each claimed to be better than the others in its own way. However, the key features of reproducibility and quantification of associated uncertainties in such methods have barely been discussed. Here, we apply a systematic protocol for uncertainty quantification to a number of popular alchemical free energy methods, covering both absolute and relative free energy predictions. We show that a reliable measure of error estimation is provided by ensemble simulation—an ensemble of independent MD simulations—which applies irrespective of the free energy method. The need to use ensemble methods is fundamental and holds regardless of the duration of time of the molecular dynamics simulations performed.
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DOI：
10.1098/rsta.2016.0153
发表时间：
2016-11-13
期刊：
Philosophical transactions. Series A, Mathematical, physical, and engineering sciences
影响因子：
--
作者：
Coveney PV;Dougherty ER;Highfield RR
通讯作者：
Highfield RR
从绝对结合自由能计算中的配体选择性预测。
影响因子：
15
作者：
Aldeghi M;Heifetz A;Bodkin MJ;Knapp S;Biggin PC
通讯作者：
Biggin PC
影响因子：
2.8
作者：
BEUTLER, TC;MARK, AE;VANGUNSTEREN, WF
通讯作者：
VANGUNSTEREN, WF
影响因子：
4.4
作者：
Fukunishi, H;Watanabe, O;Takada, S
通讯作者：
Takada, S
影响因子：
8.4
作者：
Aldeghi M;Heifetz A;Bodkin MJ;Knapp S;Biggin PC
通讯作者：
Biggin PC