CapSeq and CIP-TAP identify Pol II start sites and reveal capped small RNAs as C. elegans piRNA precursors.
CapSeq and CIP-TAP identify Pol II start sites and reveal capped small RNAs as C. elegans piRNA precursors.
复制标题
DOI：
10.1016/j.cell.2012.11.023
复制
发表时间：
2012-12-21
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Mello CC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu W;Lee HC;Chaves D;Youngman EM;Pazour GJ;Conte D Jr;Mello CC
Piwi相互作用（pi）RNA是与表观遗传编程相关的生殖细胞表达的小RNA。C.秀丽线虫piRNA被认为是作为独立的基因样基因座转录的。为了测试这一想法并确定皮尔纳前体的潜在转录起始（TS）位点，我们开发了CapSeq，这是一种用于5′锚定RNA分析的有效酶促方法。使用CapSeq，我们确定了超过50%的注释Pol II基因座的候选TS位点，由70-90 nt序列标签定义。然而，令人惊讶的是，这些CapSeq标签未能鉴定绝大多数皮尔纳基因座。相反，我们表明可能的皮尔纳前体是约26 nt加帽的小（cs）RNA，其精确地起始于成熟piRNA上游的2 nt，并且皮尔纳加工或稳定性需要在csRNA +3位置处的U。最后，我们鉴定了一种迄今未被识别的由csRNA加工的piRNA，其在全基因组启动子处表达，几乎使可用于基因组监测的piRNA的数量增加了一倍。
Piwi-interacting (pi) RNAs are germline-expressed small RNAs linked to epigenetic programming. C. elegans piRNAs are thought to be transcribed as independent gene-like loci. To test this idea and to identify potential Transcription Start (TS) sites for piRNA precursors, we developed CapSeq, an efficient enzymatic method for 5′-anchored RNA profiling. Using CapSeq we identify candidate TS sites, defined by 70–90 nt sequence tags, for over 50% of annotated Pol II loci. Surprisingly, however, these CapSeq tags failed to identify the overwhelming majority of piRNA loci. Instead, we show that the likely piRNA precursors are ~26 nt capped-small (cs) RNAs that initiate precisely 2 nt upstream of mature piRNAs, and that piRNA processing or stability requires a U at the csRNA +3 position. Finally, we identify a heretofore-unrecognized class of piRNAs processed from csRNAs that are expressed at promoters genome wide, nearly doubling the number of piRNAs available for genome surveillance.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Ashe A;Sapetschnig A;Weick EM;Mitchell J;Bagijn MP;Cording AC;Doebley AL;Goldstein LD;Lehrbach NJ;Le Pen J;Pintacuda G;Sakaguchi A;Sarkies P;Ahmed S;Miska EA
通讯作者：
Miska EA
影响因子：
64.5
作者：
Halic M;Moazed D
通讯作者：
Moazed D
影响因子：
9.8
作者：
Félix MA;Ashe A;Piffaretti J;Wu G;Nuez I;Bélicard T;Jiang Y;Zhao G;Franz CJ;Goldstein LD;Sanroman M;Miska EA;Wang D
通讯作者：
Wang D
影响因子：
7
作者：
Allen, Mary Ann;Hillier, LaDeana W.;Blumenthal, Thomas
通讯作者：
Blumenthal, Thomas
影响因子：
44.1
作者：
Beyret, Ergin;Liu, Na;Lin, Haifan
通讯作者：
Lin, Haifan