Cardinal: an R package for statistical analysis of mass spectrometry-based imaging experiments.
Cardinal: an R package for statistical analysis of mass spectrometry-based imaging experiments.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv146
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发表时间：
2015-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Vitek O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bemis KD;Harry A;Eberlin LS;Ferreira C;van de Ven SM;Mallick P;Stolowitz M;Vitek O
Cardinal 是一个 R 包，用于对组织等生物样品进行基于质谱的成像 (MSI) 实验的统计分析。 Cardinal 支持基质辅助激光解吸/电离 (MALDI) 和基于解吸电喷雾电离的 MSI 工作流程，以及多种组织和复杂设计的实验。主要分析功能包括（1）图像分割，将组织划分为化学成分均匀的区域，选择片段数量和信息离子子集，并表征相关的不确定性；（2）图像分类，将组织上的位置分配给预定义的类别，选择信息离子子集，并通过（交叉）验证估计最终的分类误差。统计方法基于混合建模和正则化。联系方式：o.vitek@neu.edu 可用性和实施：代码、文档和示例可在 www.cardinalmsi.org 上根据 Artistic-2.0 许可证开源获取。该软件包可从 www.bioconductor.org 获取。
Cardinal is an R package for statistical analysis of mass spectrometry-based imaging (MSI) experiments of biological samples such as tissues. Cardinal supports both Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI) and Desorption Electrospray Ionization-based MSI workflows, and experiments with multiple tissues and complex designs. The main analytical functionalities include (1) image segmentation, which partitions a tissue into regions of homogeneous chemical composition, selects the number of segments and the subset of informative ions, and characterizes the associated uncertainty and (2) image classification, which assigns locations on the tissue to pre-defined classes, selects the subset of informative ions, and estimates the resulting classification error by (cross-) validation. The statistical methods are based on mixture modeling and regularization. Contact: o.vitek@neu.edu Availability and implementation: The code, the documentation, and examples are available open-source at www.cardinalmsi.org under the Artistic-2.0 license. The package is available at www.bioconductor.org.
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