MSDB: A Comprehensive Database of Simple Sequence Repeats.
MSDB: A Comprehensive Database of Simple Sequence Repeats.
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DOI：
10.1093/gbe/evx132
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发表时间：
2017-06-01
影响因子：
3.3
通讯作者：
Mishra RK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Avvaru AK;Saxena S;Sowpati DT;Mishra RK
微卫星，也称为简单序列重复（SSR），是存在于所有基因组，特别是真核生物中的1-6 nt基序的短串联重复序列。除了它们作为基因组标记的有用性之外，SSR已被证明执行重要的调节功能，并且它们在编码区的长度变化与人类的几种疾病有关。微卫星在真核生物基因组中表现出分类群特异性富集，有些可能是功能性的。MSDB（微卫星数据库）是来自6，893个物种的超过6.5亿个SSR的集合，包括细菌，真菌，植物和动物。该数据库是迄今为止访问和分析多个物种SSR数据的最详尽的资源。除了以可定制的表格格式探索数据外，用户还可以使用我们的交互式绘图系统同时查看和比较多个物种的数据。MSDB使用Django框架和MySQL开发。它可以在http://tdb.ccmb.res.in/msdb上免费获得。
Microsatellites, also known as Simple Sequence Repeats (SSRs), are short tandem repeats of 1–6 nt motifs present in all genomes, particularly eukaryotes. Besides their usefulness as genome markers, SSRs have been shown to perform important regulatory functions, and variations in their length at coding regions are linked to several disorders in humans. Microsatellites show a taxon-specific enrichment in eukaryotic genomes, and some may be functional. MSDB (Microsatellite Database) is a collection of >650 million SSRs from 6,893 species including Bacteria, Archaea, Fungi, Plants, and Animals. This database is by far the most exhaustive resource to access and analyze SSR data of multiple species. In addition to exploring data in a customizable tabular format, users can view and compare the data of multiple species simultaneously using our interactive plotting system. MSDB is developed using the Django framework and MySQL. It is freely available at http://tdb.ccmb.res.in/msdb.
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影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
影响因子：
3.5
作者：
Ramamoorthy, Senthilkumar;Garapati, Hita Sony;Mishra, Rakesh Kumar
通讯作者：
Mishra, Rakesh Kumar
DOI：
10.1109/tvcg.2011.185
发表时间：
2011-12-01
影响因子：
5.2
作者：
Bostock, Michael;Ogievetsky, Vadim;Heer, Jeffrey
通讯作者：
Heer, Jeffrey
影响因子：
16.6
作者：
Kumar, Ram P.;Krishnan, Jaya;Mishra, Rakesh K.
通讯作者：
Mishra, Rakesh K.
影响因子：
4.4
作者：
Nagpure NS;Rashid I;Pati R;Pathak AK;Singh M;Singh SP;Sarkar UK
通讯作者：
Sarkar UK