Diverse Spatial Expression Patterns Emerge from Unified Kinetics of Transcriptional Bursting.
Diverse Spatial Expression Patterns Emerge from Unified Kinetics of Transcriptional Bursting.
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DOI：
10.1016/j.cell.2018.09.056
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发表时间：
2018-10-18
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Gregor T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zoller B;Little SC;Gregor T
转录爆发如何与基因调控相关是一个持续了十多年的中心问题。在这里，我们测量新生的转录活性在早期果蝇胚胎和特征的变化，在绝对活动水平的表达边界。我们表明，边界形成遵循一个共同的转录原则：一个单一的控制参数决定了转录活性的分布，无论基因的身份，边界位置，或增强子启动子架构。我们推断潜在的爆发动力学，并确定关键的调控参数的时间分数的基因是在转录活性状态。出乎意料的是，聚合酶起始速率和转换速率在所有表达水平上都受到严格限制，预测胚胎中所有位置的同步图案化结果。这些结果表明，在早期胚胎模式化明显复杂的转录过程中，存在一种共同的简单性，并表明了转录调控的一般规则。
How transcriptional bursting relates to gene regulation is a central question that has persisted for more than a decade. Here, we measure nascent transcriptional activity in early Drosophila embryos and characterize the variability in absolute activity levels across expression boundaries. We demonstrate that boundary formation follows a common transcription principle: a single control parameter determines the distribution of transcriptional activity, regardless of gene identity, boundary position, or enhancer-promoter architecture. We infer the underlying bursting kinetics and identify the key regulatory parameter as the fraction of time a gene is in a transcriptionally active state. Unexpectedly, both the rate of polymerase initiation and the switching rates are tightly constrained across all expression levels, predicting synchronous patterning outcomes at all positions in the embryo. These results point to a shared simplicity underlying the apparently complex transcriptional processes of early embryonic patterning and indicate a path to general rules in transcriptional regulation.
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影响因子：
56.9
作者：
Elf, Johan;Li, Gene-Wei;Xie, X. Sunney
通讯作者：
Xie, X. Sunney
DOI：
10.1073/pnas.1417527111
发表时间：
2014-12-16
影响因子：
11.1
作者：
Brown, Christopher R.;Boeger, Hinrich
通讯作者：
Boeger, Hinrich
影响因子：
9.8
作者：
Brody Y;Neufeld N;Bieberstein N;Causse SZ;Böhnlein EM;Neugebauer KM;Darzacq X;Shav-Tal Y
通讯作者：
Shav-Tal Y
影响因子：
10.5
作者：
Henriques T;Scruggs BS;Inouye MO;Muse GW;Williams LH;Burkholder AB;Lavender CA;Fargo DC;Adelman K
通讯作者：
Adelman K
影响因子：
64.5
作者：
Estrada J;Wong F;DePace A;Gunawardena J
通讯作者：
Gunawardena J